М.С. Гельфанд - Публикации

2015

Гарушянц С.К., Казанов М.Д., Гельфанд М.С., Horizontal gene transfer and genome evolution in Methanosarcina, BMC Evolutionary Biology, 15(1):102,2015.

2014

Belushkin A.A., Виноградов Д.В., Гельфанд М.С., Osterman A.L., Cieplak P., Казанов М.Д., Sequence-derived structural features driving proteolytic processing, Proteomics, 14(1), pp. 42-50, 2014.
Ponomarev G.V., Arlazarov V.L., Гельфанд М.С., Казанов М.Д., ANA HEp-2 cells image classification using number, size, shape and localization of targeted cell regions, Pattern Recognition, 47(7), pp. 2360-2366, 2014.
Rueda S., Fathima S., Knight C., Yaqub M., Papageorghiou A., Rahmatullah B., Foi A., Maggioni M., Pepe A., Tohka J., Stebbing R.V., McManigle J.E., Ciurte A., Bresson X., Cuadra M.B., Sun C., Ponomarev G.V., Гельфанд М.С., Казанов М.Д., Wang C., Chen H., Hung C., Noble J.A., Evaluation and Comparison of Current Fetal Ultrasound Image Segmentation Methods for Biometric Measurements: A Grand Challenge, IEEE Transactions on Medical Imaging, 33(4), pp.797-813, 2014.

2013

Gordienko E.N., Kazanov M., Gelfand M., Evolution of pan-genomes of Escherichia coli, Shigella spp., and Salmonella enterica, J Bacteriol. 2013 Jun;195(12):2786-92.

2012

Kazanov M., Li X., Gelfand M., L. Osterman A., Rodionov D., Functional diversification of ROK-family transcriptional regulators of sugar catabolism in the Thermotogae phylum. Nucleic Acids Res. 2012 Dec 2. http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2012/12/02/nar.gks1184.long
Tsoy O., A. Pyatnitskiy M., Kazanov M., Gelfand M., Evolution of transcriptional regulation in closely related bacteria. BMC Evol Biol. 2012 Oct 6;12:200. http://www.biomedcentral.com/1471-2148/12/200
De Ingeniis J., Kazanov M., Shatalin K., Gelfand M., L. Osterman A., Sorci L., Glutamine versus ammonia utilization in the NAD synthetase family http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0039115

2011

Rodionov D., Novichkov P.S., Stavrovskaya E., Rodionova I.A., Li X, Kazanov M., 170, Gerasimova A.V., Kazakov A., Kovaleva G., Permina E.A., Laikova O.N., Overbeek R, Romine M.F., Fredrickson J.K., Arkin A.P., Dubchak I, Osterman A.L., Gelfand M., Comparative genomic reconstruction of transcriptional networks controlling central metabolism in the Shewanella genus. BMC Genomics. 2011 Jun 15;12 Suppl 1:S3. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/12/S1/S3
Lazarev V.N., Levitskii S.A., Basovskii Y.I., Chukin M.M., Akopian T.A., Vereshchagin V.V., Kostrjukova E.S., Kovaleva G., Kazanov M., Malko D.B., Vitreschak A., Sernova N.V., Gelfand M., Demina I.A., Serebryakova M.V., Galyamina M.A., Vtyurin N.N., Rogov S.I., Alexeev D.G., Ladygina V.G., Govorun V.M., Complete genome and proteome of Acholeplasma laidlawii. Journal of Bacteriology 2011 Sep;193(18):4943-4953. http://jb.asm.org/content/193/18/4943.long

2010

Новичков П.С., Лайкова О.Н., Новичкова Е.С., Гельфанд М.С., Аркин А.П., Дубчак И., Родионов Д.А., RegPrecise: a database of curated genomic inferences of transcriptional regulatory interactions in prokaryotes. Nucleic Acids Res, 38: D111-D118. http://www.rtcb.iitp.ru/PDF/19884135.pdf
Gorbunov K., Laikova O.N., Rodionov D., Gelfand M., Lyubetsky V., “Evolution of regulatory motifs of bacterial transcription factors” In Silico Biology, 2010, 10, 0012. http://www.bioinfo.de/isb/2010/10/0012/

2009

Zhang Y., Родионов Д.А., Гельфанд М.С., Гладышев В.Н., Comparative genomic analyses of nickel, cobalt and vitamin B12 utilization. BMC Genomics, 2009, 10: 78. http://www.rtcb.iitp.ru/PDF/19208259.pdf
Raker V., Mironov A., Gelfand M., Pervouchine D., Modulation of alternative splicing by long-range RNA structures in Drosophila. Nucleic Acids Res. 2009, 37(14):4533-44 . http://nar.oxfordjournals.org/cgi/reprint/gkp407v1
Desai T.A., Родионов Д.А., Гельфанд М.С., Alm E.J., Rao C.V., Desai TA, Rodionov DA, Gelfand MS, Alm EJ, Rao CV. (2009) Engineering transcription factors with novel DNA-binding specificity using comparative genomics. Nucleic Acids Res, 37: 2493-503. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2677863/pdf/gkp079.pdf
Gelfand M., Kazakov A., Korostelev Y., Laikova O., Mironov A., Rakhmaninova A., 170, Rodionov D., Vitreschak A., Evolution of Regulatory Systems in Bacteria. Lecture Notes in Bioinformatics. 2009; 5542 (ISBRA 2009): 1-4.
Nurtdinov R., Mironov A., Gelfand M., Rodent-specific alternative exons are more frequent in rapidly evolving genes and in paralogs. BMC Evol Biol. 2009, 9: 142. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2711938/pdf/1471%2D2148%2D9%2D142.pdf
Huang N., De Ingeniis J., Galeazzi L., Mancini C., Korostelev Y.D., Rakhmaninova A., Gelfand M., Rodionov D., Raffaelli N., Zhang H., Structure and function of an ADP-ribose-dependent transcriptional regulator of NAD metabolism. Structure. 2009, 17: 939-51. http://www.rtcb.iitp.ru/PDF/19604474.pdf
Kalinina O., Gelfand M., Russell R., Combining specificity determining and conserved residues improves functional site prediction. BMC Bioinformatics. 2009, 10: 174.
Гельфанд М.С., Геномы и эволюция. Вестник РАН, 2009, 79(5) 411-418. http://www.rtcb.iitp.ru/PDF/mg_VestnikRAN_2009.pdf
Ракитин Д.И., Гельфанд М.С., Совместная метаболическая активность тли Acyrthosiphon pisum и симбиотической бактерии Buchnera aphidicola STR APS Молекулярная биология. 2009, 43(6): 1093-95 PDF http://www.rtcb.iitp.ru/PDF/PDF_2009_r.pdf

2008

Kurmangaliyev Y., Gelfand M., Computational analysis of splicing errors and mutations in human transcripts. BMC Genomics. 2008, 9(1): 13. http://www.rtcb.iitp.ru/PDF/18194514.pdf
Vitreschak A., Mironov A., Lyubetsky V., Gelfand M., “Comparative genomic analysis of T-box regulatory systems in bacteria” Ribonucleic acids molecular biology (RNA), V. 14, No. 4, April 2008, pp. 717-735. PMID: 18359782 http://rnajournal.cshlp.org/content/14/4/717.full

2007

Kazanov M., Vitreschak A., Gelfand M., Abundance and functional diversity of riboswitches in microbial communities. BMC Genomics. 2007 Oct 1;8:347. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/347
Витрещак А.Г., Миронов А.А., Любецкий В.А., Гельфанд М.С., «Компьютерный анализ, функциональная аннотация и изучение эволюции Т-бокс регулона в бактериях» Труды конференции ИТиС 30, Звенигород, 18–21 сентября 2007, сс. 220-221.
Vitreschak A., Lyubetsky V., Gelfand M., “Analysis of evolution of T-box regulatory elements prediction of amino acid transporters and other amino acid related genes” Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, Moscow, pp. 30–37.
Vitreschak A., Mironov A., Lyubetsky V., Gelfand M., “Function and evolutionary analysis of the T-box regulon in bacteria” Proceedings of International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: МССМВ’07, November 2007, pp. 309–310.
Gorbunov K., Radionov D., Laikova O., Gelfand M., Lyubetsky V., “Reconstruction of ancestral regulatory signal along a phylogeny” Proceedings of International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: МССМВ’07, 2007, pp. 111–113.
Северинов К., Семенова Е., Казаков А.Е., Казаков Т., Гельфанд М.С., "Low-molecular-weight post-translationally modified microcins." Mol Microbiol., 2007, 65(6):1380-94. http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.05874.x
Казаков А.Е., J. Cipriano M., С. Новичков П., Minovitsky S., Виноградов Д.В., Arkin A., А. Миронов А., Л. Дубчак И., Гельфанд М.С., "RegTransBase - a database of regulatory sequences and interactions in a wide range of prokaryotic genomes." Nucleic Acids Res., 2007, 35:D407-12. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/35/suppl_1/D407

2006

Садовская Н.С., Гельфанд М.С., Р.А. Сутормин, Recognition of transmembrane segments in proteins: review and consistency-based benchmarking of internet servers. J. Bioinformatics and Computational Biology. 2006, 4(5): 1033-56.
Vitreschak A., Lyubetsky V., Gelfand M., “Evolutional and Functional Analysis of T-box Regulon in Bacteria: Identification of new Genes Involved in Amino Acid Metabolism” Proceedings of The Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS’2006), Novosibirsk, July 16–22 2006, V. 3, pp. 236–240. http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/papers/2006/BGRS_2006_V3_053.pdf
А. Пермина Е., Казаков А.Е., В. Калинина О., Гельфанд М.С., "Comparative genomics of regulation of heavy metal resistance in Eubacteria." BMC Microbiol., 2006, 6:49. http://www.biomedcentral.com/1471-2180/6/49
Kovaleva G., Bazykin G., Brudno M., Gelfand M., Comparative genomics of transcriptional regulation in yeasts and its application to identification of a candidate alpha-isopropylmalate transporter. Journal of Bioinformatics and Computational Biology 4(5):981–998.
Любецкая А.В., Рубанов Л.И., Гельфанд М.С., "Применение потоковой модели для изучения метаболизма Escherichia coli", Биохимия, 2006, том 71, выпуск 11, с.1544-1549

2005

Гельфанд М.С., Герасимова А., Котельникова Е.А., Лайкова О.Н., Макеев В.Ю., Миронов А.А., Панина Е.М., Равчеев Д.А., Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Comparative genomics and evolution of bacterial regulatory systems. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II (Springer Science+Business Media, Inc.) P. 111-119 (2005)
Seliverstov A., Putzer H., Gelfand M., Lyubetsky V., “Comparative analysis of RNA regulatory elements of amino acid metabolism genes in Actinobacteria” BMC Microbiology, 2005, 5:54. PMID: 16202131 http://www.biomedcentral.com/1471-2180/5/54

2004

Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Comparative genomics of the methionine metabolism in Gram-positive bacteria: a variety of regulatory systems. Nucleic Acids Res. 2004 Jun 23;32(11):3340-53. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15215334
Витрещак А.Г., Родионов Д.А., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Riboswitches: the oldest mechanism for the regulation of gene expression? Trends in Genetics, 2004 Jan; 20(1):44-50. http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TCY-4B4RT47-1&_user=10&_rdoc=1&_fmt=&_ori
Кузнецов Н.А., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Биоинформатика бактерий – основные задачи и характер моделей» Труды 6-й международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», 14–17 июня 2004, РАН, сс. 5–11.
Vitreschak A., Lyubetskaya E., Shirshin M., Gelfand M., Lyubetsky V., “Attenuation regulation of amino acid biosynthetic operons in proteobacteria: comparative genomics analysis” FEMS Microbiological Letters, 2004, 234(2), pp. 357–370. PMID: 15135544 http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T2W-4C5VMJK-4&_user=10&_rdoc=1&_fmt=&_ori

2003

Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Биоинформатика: от эксперимента к компьютерному анализу и снова к эксперименту» Вестник РАН, 2003, том 73, № 11, стр. 987–994. http://vivovoco.rsl.ru/VV/JOURNAL/VRAN/GENOMICS/GENOMICS.HTM
Жанг З., Фейж Ж., Ченг А., Андерсон И., Бродянски В., Витрещак А.Г., Гельфанд М.С., Сайер М., A transporter of Escherichia coli specific for l- and d-methionine is the prototype for a new family within the ABC superfamily. Arch Microbiol, 2003. 180: 88-100. http://www.springerlink.com/content/ylj23b9fp53be09d/
Панина Е.М., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Regulation of biosynthesis and transport of aromatic amino acids in low-GC Gram-positive bacteria. FEMS Microbiol Lett. 2003 May 28; 222(2):211-20. http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T2W-48GNYN9-1&_user=10&_rdoc=1&_fmt=&_ori
Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Comparative genomics of the vitamin B12 metabolism and regulation in prokaryotes. J Biol Chem. 2003 Oct 17; 278(42), 41148-59. http://www.jbc.org/cgi/content/full/278/42/41148
Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Regulation of lysine biosynthesis and transport genes in bacteria: yet another RNA riboswitch? Nucleic Acids Research, 2003, Dec 1, 31(23):6748-57. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=14627808
Витрещак А.Г., Родионов Д.А., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Regulation of the vitamin B(12) metabolism and transport in bacteria by a conserved RNA structural element. RNA. 2003 Sep; 9(9):1084-1097. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=12923257
Любецкая Е.В., Леонтьев Л.А., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Поиск альтернативных вторичных структур РНК, регулирующих экспрессию бактериальных генов» Молекулярная биология, том 37, № 5, 2003, сс. 834–842. PMID 14593920
Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «ДНК: от молекулы до генома, от биохимических озарений к алгоритмическому анализу» Вестник РАН, № 11, 2003, сс. 963–970.
Данилова Л.В., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., Лайкова О.Н., «Компьютерный анализ регуляции метаболизма глицерол-3-фосфата в геномах протеобактерий» Молекулярная биология, 2003, т. 37, № 5. сс. 843–849. PMID 14593921
Вьюгин В.В., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Идентификация горизонтально перенесенных генов на основе филогенетических данных» Молекулярная биология, том 37, № 4, 2003, сс. 674–687. PMID 12942641
Danilova L., Lyubetsky V., Gelfand M., “An algorithm for identification of regulatory signals in unaligned DNA sequences, its testing and parallel implementation” In Silico Biology, V. 3, No 1,2, 2003, pp. 33–47. PMID 12762844 http://www.bioinfo.de/isb/2003/03/0004
Казаков А.Е., Вассиева О., Остерман А., Овербек Р., Гельфанд М.С., "Bioinformatics classification and functional analysis of PhoH homologs." In Silico Biology, 2003, 3(1-2):3-15. http://www.bioinfo.de/isb/2003030002/

2002

Садовская Н.С., Сутормин Р.А., Рахманинова А.Б., Гельфанд М.С., Сравнительный анализ программ, предсказывающих трансмембранные сегменты в трансмембранных белках. Информационные процессы. 2002, 2(1) 96-99.
Витрещак А.Г., Родионов Д.А., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Regulation of bacterial riboflavin genes by a conserved RNA structural element. In the proceedings of the third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, July 14-20, 2002. V. 2. P. 44-46.
Панина Е.М., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Bioinformatics approach to analysis of regulation of aromatic amino acids biosynthesis in Bacillus/Clostridium group. In the proceedings of the third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, July 14-20, 2002. V. 2. P. 32-35.
Витрещак А.Г., Панина Е.М., Родионов Д.А., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Comparative analysis of RNA regulation in bacterial genomes. Proc. of the Meeting of International Research Scholars of the Howard Hughes Medical Institute, Palm Cove, Australia, June, 25-28, 2002.
Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Comparative Genomics of Thiamin Biosynthesis in Procaryotes. New Genes and Regulatory Mechanisms. J. Biol. Chem. 2002 Dec 13;277(50):48949-59. http://www.jbc.org/cgi/content/full/277/50/48949
Витрещак А.Г., Родионов Д.А., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Regulation of riboflavin biosynthesis and transport genes in bacteria by transcriptional and translational attenuation. Nucleic Acids Research. 2002. V. 30(14) P. 3141-51. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=12136096
Вьюгин В.В., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Согласование деревьев: реконструкция эволюции видов по филогенетическим деревьям генов» Молекулярная биология, 2002, т. 36, № 5, сс. 807–816. PMID 12391844

2001

Гельфанд М.С., Лайкова О., Миронов А.А., Новичков П.С., Панина Е.М., Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Comparative analysis of bacterial patterns. In the abstracts of Meeting of HHMI International Research Scholars. Vancouver, Canada, June 20-23, 2001, P. 75.
Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Computer prediction of RNA secondary structure. The RNApattern program: searching for RNA secondary structure by the pattern rule. In the proceedings of the third International Conference "ComplexSystems: Control and modeling problems". Russia, Samara, June, 2001, PP. 623-625.
Панина Е.М., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Regulation of Aromatic Amino Acid Biosynthesis in Gamma-Proteobacteria. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2001. V. 3. P. 529-543. http://www.horizonpress.com/jmmb/v3/v3n4/07.pdf
Данилова Л.В., Горбунов К.Ю., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК» Молекулярная биология, том 35, № 6, 2001, сс. 987–995. PMID 11771146
Гельфанд М.С., Вьюгин В.В., Любецкий В.А., «Об одном способе построения деревьев эволюции видов по множественным генетическим данным» Информационные процессы, том 1, № 1, 2001, сс. 64–77.
Данилова Л.В., Горбунов К.Ю., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК» Информационные процессы, том 1, № 1, 2001, сс. 56–63.

2000

Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С., Comparative approach of regulation in complete genomes: attenuators of aromatic amino acid operons of gamma-proteobacteria. In the proceedings of the second International Conference "ComplexSystems: Control and modeling problems". Russia, Samara, June, 2000, PP. 141-142.
Витрещак А.Г., Гельфанд М.С., Сравнительный подход к анализу регуляции в полных геномах: аттенюаторы ароматических аминокислотных оперонов гамма-протеобактерий. В материалах школы-конференции “Горизонты физико-химической биологии”, Пущино, Май, 2000, С. 231.
Витрещак А.Г., Бансал А., Гельфанд М.С., Comparative approach to analysis of regulation in complete genomes: attenuators of aromatic amino acid operons of gamma-proteobacteria. In the proceedings of the first International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, August 7-11, 2000. V. 2. P. 55-56.
Витрещак А.Г., Гельфанд М.С., Computer analysis of control signals in bacterial genomes. Attenuators of operons of aromatic amino acids metabolism. Mol Biol (rus). 2000, 34(4):461-67 http://www.springerlink.com/content/rn126571v2w17765/?p=7f037f93bed342e1950dae9eeaa6ee32&pi=1

1999

Гельфанд М.С., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Information interactions and regulatory patterns in bacterial genomes. In the proceedings of the first International Conference "ComplexSystems: Control and modeling problems". Russia, Samara, June, 1999, PP. 101-105.
Витрещак А.Г., Гельфанд М.С., Компьютерный анализ регуляторных сигналов в полных бактериальных геномах. Инициация трасляции оперонов рибосомальных белков. Биофизика. 1999. Т. 44. С. 601-610.

1998

Витрещак А.Г., Гельфанд М.С., Conserved RNA structures regulation initiation of translation of Escherichia coli and Haemophilus influenzae ribosomal protein operons. In the abstracts of Theoretical biophysics international school, Moscow, June 15-20, 1998. P. 105.
Витрещак А.Г., Бансал А., Гельфанд М.С., Conserved RNA structures regulate initiation of translation of Escherichia coli and Haemophilus influenzae ribosomal protein operons. In the proceedings of the first International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, August 24-31, 1998. V. 1. P. 229.