2024 |
Gorbunov K., Lyubetsky V., Algorithms for the reconstruction of genomic structures with proofs of their low polynomial complexity and high exactness.
Mathematics, March 11 2024, Vol. 12, No. 6, Art. 817.
DOI: 10.3390/math12060817
(WoS Q1) http://iitp.ru/https://doi.org/10.3390/math12060817
|
2023 |
Gorbunov K., Lyubetsky V., Constructing an evolutionary tree and path–cycle graph evolution along it.
Mathematics, Apr 24 2023, Vol. 11, No. 9, Art. 2024.
DOI: 10.3390/math11092024
(WoS Q1) http://iitp.ru/https://doi.org/10.3390/math11092024
|
2021 |
Gorbunov K., Lyubetsky V., Multiplicatively exact algorithms for transformation and reconstruction of directed path-cycle graphs with repeated edges.
Mathematics, Oct 14 2021, Vol. 9, No. 20, Art. 2576.
DOI: 10.3390/math9202576 (WoS Q1) http://iitp.ru/https://doi.org/10.3390/math9202576
|
2020 |
Gorbunov K., Lyubetsky V., Linear time additively exact algorithm for transformation of chain-cycle graphs for arbitrary costs of deletions and insertions.
Mathematics,
Vol. 8, No. 11, Art. 2001.
DOI: 10.3390/math8112001
(WoS Q1) http://iitp.ru/https://doi.org/10.3390/math8112001
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Эволюция митохондриальных геномных структур у Metazoa: алгоритм и программа.
Материалы международного форума «Биотехнология: состояние и перспективы развития»,
Москва, 28–30 октября 2020, вып. 18, стр. 260–261.
DOI: 10.37747/2312-640X-2020-18-260-262 http://iitp.ru/https://doi.org/10.37747/2312-640X-2020-18-260-262
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Почти точный линейный алгоритм преобразования графов из цепей и циклов, с оптимизацией суммы цен операций.
Доклады Российской академии наук. Математика, информатика, процессы управления,
2020, том 494, № 1, стр. 26–29.
DOI: 10.31857/S2686954320050343 http://iitp.ru/https://doi.org/10.1134/S1064562420050324
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., An almost exact linear complexity algorithm of the shortest transformation of chain-cycle graphs.
arXiv:2004.14351 [math.CO], Apr 29 2020. http://iitp.ru/https://arxiv.org/abs/2004.14351
|
2019 |
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Линейный алгоритм реконструкции хромосомных структур.
Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития»,
Москва, 25–27 февраля 2019, вып. 17, стр. 349–350. http://iitp.ru/https://elibrary.ru/item.asp?id=37590378
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Линейный алгоритм реконструкции хромосомных структур. Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития» http://lab6.iitp.ru/ru/pub/ru_biotech_2019_gl.pdf
|
2018 |
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Линейный алгоритм перестройки графа.
Автоматика и телемеханика,
2018, том 79, № 12, стр. 124–141.
DOI: 10.31857/S000523100002861-1 http://iitp.ru/https://doi.org/10.1134/S0005117918120093
|
Lyubetsky V., Lyubetskaya E., Gorbunov K., Linear algorithm for a cyclic graph transformation.
Lobachevskii Journal of Mathematics,
2018, Vol. 39, No. 9, P. 1217–1227.
DOI: 10.1134/S1995080218090147 http://iitp.ru/https://doi.org/10.1134/S1995080218090147
|
2017 |
Любецкий В.А., Рубанов Л.И., Горбунов К.Ю., Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Высококонсервативные элементы в митохондриях инфузорий и однодольных растений.
Материалы IX Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития»,
Москва, 20–22 февраля 2017, часть 1, стр. 392. http://iitp.ru/https://elibrary.ru/item.asp?id=29220438
|
Lyubetsky V., Gershgorin R., Gorbunov K., Chromosome structures: reduction of certain problems with unequal gene content and gene paralogs to integer linear programming.
BMC Bioinformatics,
2017, Vol. 18, No. 537.
doi:10.1186/s12859-017-1944-x, PMID: 29212445
(WoS Q1) http://dx.doi.org/10.1186/s12859-017-1944-x
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., Transformation of large chromosome structures: an algorithm of equalization of gene contents.
CEUR Workshop Proceedings,
Feb 23 2018, Vol. 2064, Convergent Cognitive Information Technologies 2017, P. 395–401, in Russian. http://ceur-ws.org/Vol-2064/paper46.pdf
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Кратчайшее преобразование графа.
Доклады академии наук,
2017, том 476, № 6, стр. 614–616.
doi:10.7868/S0869565217300028 http://iitp.ru/https://doi.org/10.1134/S1064562417050313
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., A linear algorithm for the shortest transformation of graphs with different operation costs.
Journal of Communications Technology and Electronics,
2017, Vol. 62, No. 6, P. 653–662.
doi:10.1134/S1064226917060092 http://iitp.ru/https://doi.org/10.1134/S1064226917060092
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Алгоритм преобразования одного графа в другой с минимальной ценой.
Информатика и её применения,
2017, том 11, вып. 1, стр. 79–89. doi:10.14357/19922264170107
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Линейный алгоритм минимальной перестройки структур.
Проблемы передачи информации,
2017, том 53, вып. 1, стр. 60–78.
|
Gershgorin R., Gorbunov K., Zverkóv O., Rubanov L., Seliverstov A., Lyubetsky V., Highly Conserved Elements and Chromosome Structure Evolution in Mitochondrial Genomes in Ciliates.
Life, 2017, Vol. 7, No. 9.
doi:10.3390/life7010009, PMID: 28264444 http://www.mdpi.com/2075-1729/7/1/9/htm
|
2016 |
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Модифицированный алгоритм преобразования хромосомных структур: условия абсолютной точности.
Современные информационные технологии и ИТ-образование.
2016, том 12, № 1, стр. 162–172. http://iitp.ru/https://elibrary.ru/item.asp?id=27539231
|
Korolev S., Gorbunov K., Zverkóv O., Seliverstov A., Lyubetsky V., Degenerate inverted repeats in the genomes of mycobacterium.
CEUR Workshop Proceedings (CEUR-WS.org), Selected Papers of the First International Scientific Conference Convergent Cognitive Information Technologies (Convergent 2016), Moscow, Russia, November 25–26 2016, vol. 1763, p. 182–187, in Russian.
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., A modified algorithm for transformation of chromosomal structures: a condition of absolute exactness.
CEUR Workshop Proceedings (CEUR-WS.org), Selected Papers of the First International Scientific Conference Convergent Cognitive Information Technologies (Convergent 2016), Moscow, Russia, November 25–26 2016, vol. 1763, p. 162–172, in Russian.
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Линейный алгоритм кратчайшей перестройки графов при разных ценах операций.
Информационные процессы, 2016, том 16, № 2, стр. 223–236.
|
Королев С.А., Горбунов К.Ю., Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Вырожденные инвертированные повторы в геномах микобактерий.
Современные информационные технологии и ИТ-образование.
2016, том 12, № 1. стр. 162-172.
|
Lyubetsky V., Gershgorin R., Seliverstov A., Gorbunov K., Algorithms for Reconstruction of Chromosomal Structures.
BMC Bioinformatics,
2016, vol. 17, art. 40, 23 pp.
DOI: 10.1186/s12859-016-0878-z, PMID: 26780836 http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-0878-z
|
2015 |
Gershgorin R., Gorbunov K., Seliverstov A., Lyubetsky V., Evolution of chromosome structures.
Proceedings of the 39th IITP RAS Interdisciplinary Conference & School “Information Technology and Systems 2015” (ITaS’15),
Sochi, Russia, Sep 7–11 2005, Moscow: IITP, 2015, P. 105–120. http://iitp.ru/https://elibrary.ru/item.asp?id=24378278
|
Любецкий В.А., Горбунов К.Ю., Реконструкция предковых хромосомных структур.
Современные информационные технологии и ИТ-образование,
2015, том 2, № 11, стр. 600–605.
|
Горбунов К.Ю., Гершгорин Р.А., Любецкий В.А., Перестройка и реконструкция хромосомных структур.
Молекулярная биология, 2015, том 49, № 3, стр. 372–383,
DOI: 10.7868/S0026898415030076, PMID: 26107890.
|
2014 |
Rusin L., Lyubetskaya E., Gorbunov K., Lyubetsky V., “Reconciliation of Gene and Species Trees”
BioMed Research International,
2014, Vol. 2014, Article ID 642089, 22 pages. http://dx.doi.org/10.1155/2014/642089
|
2013 |
Любецкий В.А., Горбунов К.Ю., «Задачи и алгоритмы, связанные с хромосомными перестройками»
Сборник избранных трудов VIII Международной научно-практической конференции «Современные информационные технологии и ИТ-образование»,
Москва, МГУ им. М. В. Ломоносова, 8–10 ноября 2013, М.: ИНТУИТ.РУ, 2013, стр. 764–768.
|
2012 |
Lyubetsky V., Rubanov L., Rusin L., Gorbunov K., "Cubic time algorithms of amalgamating gene trees and building evolutionary scenarios" Biology Direct, 2012, 7:48. PMID: 24513779 http://www.biologydirect.com/content/7/1/48
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., “The problems of reconciling gene and species trees, mapping a gene tree into a species tree, and gene tree inference”
Abstracts of the First RECOMB Satellite Conference on Open Problems in Algorithmic Biology (RECOMB-AB),
St. Petersburg, Russia, August 27–29 2012.
|
Горбунов К.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., “Взаимное расположение параллельных гиперплоскостей, квадрик и вершин многомерного куба”, Проблемы передачи информации, 2012, 48:2, 113-120. http://dx.doi.org/10.1134%2FS0032946012020081
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Быстрый алгоритм построения супердерева видов по набору белковых деревьев»
Молекулярная биология,
2012, том 46, № 1, стр. 176–183.
|
2011 |
Любецкая Е.В., Горбунов К.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., «Дифференциальные уравнения, описывающие клеточный процесс»
Труды 54-й научной конференции МФТИ «Проблемы фундаментальных и прикладных естественных и технических наук в современном информационном обществе». Управление и прикладная математика,
том 2, М.: МФТИ, 2011, стр. 91–92.
|
Зверко́в О.А., Горбунов К.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Кластеризация белков с учётом их доменной структуры.
Труды 54-й научной конференции МФТИ «Проблемы фундаментальных и прикладных естественных и технических наук в современном информационном обществе», 25–26 ноября 2011, Москва, 25–26 ноября 2011, М.: МФТИ, 2011, Управление и прикладная математика, том 2, стр. 88–89.
|
Gorbunov K., Rubanov L., Rusin L., Lyubetsky V., “An accurate algorithm of cubic complexity to build supertrees”
Zitteliana. An International Journal of Palaeontology and Geobiology. Series B,
Vol. 30, Abstracts of the international conference “Deep Metazoan Phylogeny 2011 – new data, new challenges", Munchen, Germany, October 11–14 2011, P. 20.
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Дерево, ближайшее в среднем к данному набору деревьев»
Проблемы передачи информации,
том 47, вып. 3, 2011, сс. 64–79.
|
2010 |
154, Gorbunov K., Seliverstov A., Lyubetsky V., “The evolution of proline synthesis transcription regulation in gamma proteobacteria”
Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference “Molecular Phylogenetics” (Moscow, Russia, May 18-21, 2010), Moscow, Torus Press, 2010, pp. 132–133.
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., “A Fast Algorithm of Building Species Supertrees with a Set of Gene Trees”
Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology (BGRSSB’2010), Novosibirsk, Russia, 20-27 June 2010, p. 92.
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Об одном алгоритме согласования деревьев генов и видов с учетом дупликаций, потерь и горизонтальных переносов генов»
Информационные процессы
том 10, № 2, 2010, сс. 140–144. http://www.jip.ru/2010/140-144-2010.pdf
|
154, Горбунов К.Ю., Русин Л.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., «Эволюция транскрипционной регуляции синтеза пролина у гамма-протеобактерий»
Вестник МГУ. Биология, 2010, том 65, № 4, сс. 92–94.
|
Gorbunov K., Laikova O.N., Rodionov D., Gelfand M., Lyubetsky V., “Evolution of regulatory motifs of bacterial transcription factors”
In Silico Biology, 2010, 10, 0012. http://www.bioinfo.de/isb/2010/10/0012/
|
2009 |
Горбунов К.Ю., Любецкая Е.В., «Реконструкция эволюции белковых семейств» ITAS"09.
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., “Inferring gene evolution along a species tree” International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’09, pp. 120–121.
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Реконструкция эволюции генов вдоль дерева видов»
Молекулярная биология,
2009, том 43, № 5, сс. 946–958.
|
Горбунов К.Ю., Любецкая Е.В., Асарин Е.В., Любецкий В.А., «Реконструкция эволюции бактериальных регуляторных сигналов, основанных на вторичной структуре»
Молекулярная биология,
2009, том 43, № 3, стр. 527–541.
|
2008 |
Любецкая Е.В., Горбунов К.Ю., Алгоритмы реконструкции эволюции регуляторных сигналов. 2008, Труды 51-й научной конференции МФТИ, Москва, с. 144-146.
|
Gorbunov K., Kanovei V., Lyubetsky V., “Inferring optimal scenario of gene evolution along a species tree”
Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS’2008), Novosibirsk, June 22–28, p. 90. http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs2008/BGRS2008_Proceedings.pdf
|
2007 |
Горбунов К.Ю., «Оценка числа элементов покрытия произвольного теста на случайность частотными тестами» Проблемы передачи информации, 2007, том 43, вып. 1, сс. 65–75.
|
Любецкий В.А., Жижина Е.А., Горбунов К.Ю., Селиверстов А.В., «Модель эволюции нуклеотидной последовательности» Труды конференции «Математические методы распознавания образов», 2007, сс. 605–609.
|
Lyubetsky V., Seliverstov A., Gorbunov K., “Models of gene expression regulation and evolution of regulatory elements” Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, Moscow, pp. 158–165.
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., “Modeling evolution of the nucleotide sequence with secondary structure” Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, Moscow, pp. 68–75.
|
Gorbunov K., Radionov D., Laikova O., Gelfand M., Lyubetsky V., “Reconstruction of ancestral regulatory signal along a phylogeny” Proceedings of International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: МССМВ’07, 2007, pp. 111–113.
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Реконструкция предковых регуляторных сигналов вдоль дерева эволюции фактора транскрипции»
Молекулярная биология,
2007, том 41, № 5, стр. 918–925.
|
2006 |
Gorbunov K., Lyubetsky V., “Inferring regulatiory signal profiles and evolutionary events”
Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 3, P. 151–154. http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/papers/2006/BGRS_2006_V3_031.pdf
|
Lyubetsky V., Gorbunov K., Rusin L., V'yugin V., “Algorithms to reconstruct evolutionary events at molecular level and infer species phylogeny” An article in the book: “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II”, Springer Science & Business Media, Inc. 2006, pp. 189–204. http://www.springerlink.com/content/q67568k37g687647/
|
2005 |
Пирогов С.А., Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Макро- и микросостояния в модели аттенюаторной регуляции экспрессии генов у бактерий» Труды конференции РАН «Проблемы управления и моделирования в сложных системах, VII Международная конференция», 2005, Самара, сс. 210–215.
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., “Algorithms to reconstruct ancestral gene evolution events” MCCMB’05, 2005, pp. 128–129.
|
Любецкий В.А., Горбунов К.Ю., Вьюгин В.В., Русин Л.Ю., «Удаление шума в множественном выравнивании белковых последовательностей» Информационные процессы, 2005, т. 5, № 5, сс. 380–391. http://www.jip.ru/2005/380-391.pdf
|
Любецкий В.А., Горбунов К.Ю., Пирогов С.А., Рубанов Л.И., Селиверстов А.В., «Алгоритм и результаты счета для модели регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК» Информационные процессы, 2005, т. 5, № 5, сс. 337–366. http://www.jip.ru/2005/337-366.pdf
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Поиск предковых генов, нарушающих согласованность деревьев белков и видов»
Молекулярная биология,
2005, т. 39, № 5, сс. 847–858.
PMID: 16240718
|
2004 |
Lyubetsky V., Gorbunov K., V'yugin V., “Inferring evolutionary events, quality of COGs, measuring the dissimilarity between gene and species trees” Presentation abstracts of the EMBO World Phylogenetic Course 2004. November 1–7 2004, Rio de Janeiro, Brazil.
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., “New approach for detecting common secondary structures in a set of RNA sequences”
Biophysics (Moscow),
2004, V. 48, Suppl. 1 (2003), pp. 56–67.
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Модель регуляции биосинтеза» Труды 6-й международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», 14–17 июня 2004, РАН, сс. 151–153.
|
Gorbunov K., Lyubetsky V., “A Model of Tryptophan Biosynthesis Regulation”
Proceedings of the Fourth International Conference on Bionnformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS’2004), Novosibirsk, July 25–30 2004, V. 2, pp. 53–55. http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/papers/2004/BGRS_2004_V2_011.pdf
|
2003 |
Gorbunov K., Lyubetsky V., “Detecting common secondary structures in a set of RNA sequences and its testing” MCCMB’03, 2003, pp. 83–85.
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., Миронов А.А., «Поиск консервативной вторичной структуры РНК»
Молекулярная биология,
том 37, № 5, 2003, сс. 850–860.
PMID 14593922
|
Любецкий В.А., Горбунов К.Ю., «Поиск консервативных вторичных структур РНК» Информационные процессы, том 3, № 1, 2003, сс. 47–60.
|
2002 |
Gorbunov K., Lyubetsky V., “An Algorithm for Searching for Common Secondary Structures in a Set of RNA Sequences”
Proceedings of The Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS’2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20, 2002, V. 3, pp. 20–22. http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/papers/2002/BGRS_2002_3_004.pdf
|
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Алгоритм поиска консервативных вторичных структур в наборе фрагментов РНК» Информационные процессы, 2002, том 2, № 1, сс. 55–58.
|
2001 |
Горбунов К.Ю., Любецкая Е.В., Любецкий В.А., «О двух алгоритмах поиска альтернативной вторичной структуры РНК» Информационные процессы, том 1, № 2, 2001, сс. 178–187.
|
Данилова Л.В., Горбунов К.Ю., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК»
Молекулярная биология,
том 35, № 6, 2001, сс. 987–995.
PMID 11771146
|
Данилова Л.В., Горбунов К.Ю., Гельфанд М.С., Любецкий В.А., «Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК» Информационные процессы, том 1, № 1, 2001, сс. 56–63.
|
2000 |
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Об алгоритме выявления регуляторного сигнала в наборе последовательностей»
Логические исследования,
выпуск 7, Москва, Наука, 2000, сс. 159–163.
|
Вьюгин В.В., Горбунов К.Ю., Любецкий В.А., «Алгоритмы выделения регуляторного сигнала и построения эволюционных деревьев» Труды 2-ой международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, Издательство РАН, 2000, сс. 130–137.
|