О.А. Зверко́в - Публикации

2019

Селиверстов А.В., Зверко́в О.А., Рубанов Л.И., Любецкий В.А., Protein clustering and gene loss prediction. Computer Assisted Mathematics Conference. Electrotechnical University "LETI" Saint-Petersburg, Russia, July 22-24, 2019. P. 7 http://cte.eltech.ru/ojs/public/static/ProgramCAM-2019.pdf
Zverkóv O., Mikhailov K., Isaev S., Rusin L., Popova O., Logacheva M., Penin A., Moroz L., Panchin Y., Lyubetsky V., Aleoshin V.V., Dicyemida and Orthonectida: Two stories of body plan simplification. Frontiers in Genetics Vol. 10, Article 443. DOI: 10.3389/fgene.2019.00443 http://iitp.ru/https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2019.00443/full

2018

Aleoshin V., Slyusarev G., Mikhailov K., Popova O., Rusin L., Zverkóv O., Lyubetsky V., Orthonectida and Dicyemida: Two stories of body plan simplification. In: Molecular Phylogenetics (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin), Moscow: Torus Press, 2018, P. 3–4. DOI: 10.30826/MolPhy2018-01
Seliverstov A., Shilovsky G.A., Rubanov L., Zverkóv O., Lyubetsky V., Longevity in mammals: lost genes as a determinant. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018): The Eleventh International Conference (20–25 Aug. 2018, Novosibirsk, Russia); Abstracts / Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences; Novosibirsk State University. – Novosibirsk: ICG SB RAS, 2018. P. 249. http://conf.bionet.nsc.ru/bgrssb2018/en/
Seliverstov A., Rubanov L., Shilovsky G., Zverkóv O., Lyubetsky V., Longevity in euarchontoglires: lost genes as a determinant. FEBS Open Bio, 2018, Vol. 8 (Suppl. 1), P. 456–457; DOI: 10.1002/2211-5463.12453.
Zverkóv O., Rubanov L., Rusin L., Seliverstov A., Lyubetsky V., Finding long highly conserved elements in complete animal genomes. CEUR Workshop Proceedings, Feb 23 2018, Vol. 2064, Convergent Cognitive Information Technologies 2017, P. 402–408, in Russian. http://ceur-ws.org/Vol-2064/paper47.pdf

2017

Lyubetsky V., Korotkova D., Ivanova A., Rubanov L., Seliverstov A., Zverkóv O., Nesterenko A., Tereshina M., Zaraisky A.G., Novel transmembrane protein c-Answer revealed by bioinformatic screening of genes present only in well regenerating animals. FEBS Journal, 2017, Vol. 284, Iss. S1, P. 155. doi:10.1111/febs.14174
Gershgorin R., Gorbunov K., Zverkóv O., Rubanov L., Seliverstov A., Lyubetsky V., Highly Conserved Elements and Chromosome Structure Evolution in Mitochondrial Genomes in Ciliates. Life, 2017, Vol. 7, No. 9. doi:10.3390/life7010009, PMID: 28264444 http://www.mdpi.com/2075-1729/7/1/9/htm

2016

Korolev S., Gorbunov K., Zverkóv O., Seliverstov A., Lyubetsky V., Degenerate inverted repeats in the genomes of mycobacterium. CEUR Workshop Proceedings (CEUR-WS.org), Selected Papers of the First International Scientific Conference Convergent Cognitive Information Technologies (Convergent 2016), Moscow, Russia, November 25–26 2016, vol. 1763, p. 182–187, in Russian.
Рубанов Л.И., Селиверстов А.В., Зверко́в О.А., Любецкий В.А., A method for identification of highly conserved elements and evolutionary analysis of superphylum Alveolata. BMC Bioinformatics. 2016, vol. 17, no. 385, 16 p. http://dx.doi.org/10.1186/s12859-016-1257-5
Рубанов Л.И., Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Высоко консервативные элементы в митохондриях однодольных растений. Современные информационные технологии и ИТ-образование. 2016. Том 12, №2. С. 211-215.
Королев С.А., Горбунов К.Ю., Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Вырожденные инвертированные повторы в геномах микобактерий. Современные информационные технологии и ИТ-образование. 2016. Том 12, №1. С. 162-172.
Korolev S., Zverkóv O., Seliverstov A., Lyubetsky V., Ribosome reinitiation at leader peptides increases translation of bacterial proteins. Biology Direct, 2016, vol. 11, no. 20, 6 pages, DOI: 10.1186/s13062-016-0123-8, PMID: 27084079. http://biologydirect.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13062-016-0123-8#CR11
Zverkóv O., Seliverstov A., Lyubetsky V., Regulation of Expression and Evolution of Genes in Plastids of Rhodophytic Branch. Life, 2016, vol. 6, no. 7, 13 pages, DOI: 10.3390/life6010007, PMID: 26840333. http://www.mdpi.com/2075-1729/6/1/7/htm

2015

Рубанов Л.И., Селиверстов А.В., Зверко́в О.А., Любецкий В.А., «Ультраконсервативные элементы у простейших из надтипа Alveolata» Современные информационные технологии и ИТ-образование 2015, том 2, № 11, стр. 581–585.
Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., «О транскрипционных факторах, кодируемых в пластидах родофитной ветви» Современные информационные технологии и ИТ-образование 2015, том 2, № 11, стр. 571–575.
Королев С.А., Селиверстов А.В., Зверко́в О.А., Любецкий В.А., «Классическая аттенюаторная регуляция, зависимая от концентрации триптофана, у актинобактерий» Современные информационные технологии и ИТ-образование 2015, том 2, № 11, стр. 565–568.
Seliverstov A., Zverkóv O., Istomina S., Pirogov S., Kitsis P., “Comparative analysis of apicoplast-targeted protein extension lengths in Apicomplexan parasites” BioMed Research International, 2015, Vol. 2015, Article ID 452958, 6 pages. http://www.hindawi.com/journals/bmri/2015/452958/
Zverkóv O., Seliverstov A., Lyubetsky V., “A Database of Plastid Protein Families from Red Algae and Apicomplexa and Expression Regulation of the moeB Gene“ BioMed Research International, 2015, Vol. 2015, Article ID 510598, 5 pages, DOI: 10.1155/2015/510598, PMID: 26114108. http://www.hindawi.com/journals/bmri/2015/510598/

2014

Зверко́в О.А., Рубанов Л.И., Селиверстов А.В., «Поиск ультраконсервативных элементов у простейших типа Apicomplexa» Современные информационные технологии и ИТ-образование / Сборник избранных трудов IX Международной научно-практической конференции. Под ред. проф. В.А. Сухомлина. М.: ИНТУИТ.РУ, 2014. стр. 865–870.
Zverkóv O., Seliverstov A., Lyubetsky V., “A database of Rhodophyte plastid protein families and regulation of moeB genes” Abstracts of the Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology (BGRSSB"2012), Novosibirsk, Russia, June 23–28 2014, p. 176.
Lyubetsky V., Korolev S., Seliverstov A., Zverkóv O., Rubanov L., “Gene expression regulation of the PF00480 or PF14340 domain proteins suggests their involvement in sulfur metabolism” Computational Biology and Chemistry, 2014, vol. 49, p. 7–13. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1476927114000036

2013

Зверко́в О.А., «Использование быстрых алгоритмов в задаче кластеризации последовательностей» Сборник избранных трудов VIII Международной научно-практической конференции «Современные информационные технологии и ИТ-образование, Москва, МГУ им. М. В. Ломоносова, 8–10 ноября 2013, М.: ИНТУИТ.РУ, 2013, стр. 757–763.
Любецкий В.А., Селиверстов А.В., Зверко́в О.А., «Семейства пластомных белков зелёных водорослей и растений» Материалы VII Московского Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, ул. Новый Арбат, 36/9, 19–22 марта 2013.
Lyubetsky V., Korolev S., Seliverstov A., Zverkóv O., “Rho-dependent attenuation of sulfur metabolism in mycobacteria” Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’13, Moscow, Russia, July 25–28 2013.
Kobets N., Goncharov D., Seliverstov A., Zverkóv O., Lyubetsky V., “Comparative analysis of apicoplast-targeted proteins in Toxoplasma gondii and other Apicomplexa species” Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’13, Moscow, Russia, July 25–28 2013.
Любецкий В.А., Селиверстов А.В., Зверко́в О.А., Построение разделяющих паралоги семейств гомологичных белков, кодируемых в пластидах цветковых растений. Математическая биология и биоинформатика. 2013, том 8, № 1, стр. 225–233.
Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Усредненная энтропия как характеристика консервативности участков генома. Вестник Тамбовского университета. Серия: Естественные и технические науки. 2013, том 18, вып. 5, стр. 2529–2531.
Lyubetsky V., Seliverstov A., Zverkóv O., Transcription Regulation of Plastid Genes Involved in Sulfate Transport in Viridiplantae. BioMed Research International. 2013, Vol. 2013, Article ID 413450. DOI: 10.1155/2013/413450, PMID: 24073405 http://www.hindawi.com/journals/bmri/2013/413450/
Зверко́в О.А., Русин Л.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Изучение вставок прямых повторов в микроэволюции митохондрий и пластид растений на основе кластеризации белков. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология. 2013, № 1, стр. 8–13. DOI: 10.3103/S0096392513020119

2012

Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Белковые семейства, специфичные для пластомов небольших таксономических групп водорослей и простейших. Молекулярная биология. 2012, том 46, № 5, стр. 799–809. PMID: 23156680
Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Семейства белков, кодируемых в пластомах Chlorophyta, Euglenozoa и Rhizaria. Труды 35-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’12), г. Петрозаводск, 19–25 августа 2012, стр. 298–302. http://www.itas2012.iitp.ru/pdf/1569591277.pdf
Зверко́в О.А., Русин Л.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Вставки прямых повторов в микроэволюции пластид и митохондрий семенных растений Информационные процессы. 2012, том 12, вып. 3, стр. 191–197. http://www.jip.ru/2012/191-197-2012.pdf
Лопатовская К.В., Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Регуляция транскрипции гена chlL у Viridiplantae. Информационные процессы. 2012, том 12, вып. 3, стр. 172–175. http://www.jip.ru/2012/172-175-2012.pdf
Lyubetsky V., Zverkóv O., Pirogov S., Rubanov L., Seliverstov A., Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates. Biology Direct. 2012, 7:26. DOI: 10.1186/1745-6150-7-26, PMID: 22873568 http://www.biology-direct.com/content/7/1/26
Zverkóv O., Korolev S., Seliverstov A., Lyubetsky V., Transcription regulation of plastid genes cysT and cysA in Viridiplantae. in: Molecular Phylogenetics (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, V. Aleoshin), Moscow, Torus Press, 2012, P. 85.

2011

Зверко́в О.А., Горбунов К.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Кластеризация белков с учётом их доменной структуры. Труды 54-й научной конференции МФТИ «Проблемы фундаментальных и прикладных естественных и технических наук в современном информационном обществе», 25–26 ноября 2011, Москва, 25–26 ноября 2011, М.: МФТИ, 2011, Управление и прикладная математика, том 2, стр. 88–89.
Lyubetsky V., Zverkóv O., Rubanov L., Seliverstov A., Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level. Biology Direct. 2011, 6:3. DOI: 10.1186/1745-6150-6-3, PMID: 21255416 http://www.biology-direct.com/content/6/1/3

2010

Lyubetsky V., Zverkóv O., Rubanov L., Seliverstov A., Interaction between nucleome and plastome: heat shock response regulation in plastids of plants. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB"2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 161.
Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Об одном алгоритме кластеризации белков. Труды 53-й научной конференции МФТИ «Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук», Москва, 24–29 ноября 2010, М.: МФТИ, 2010, часть I, том 1, стр. 118–119. http://mipt.ru/nauka/53conf/Materialy+53+konferenzii/01-FRTK1-view-arpggzeu7il.pdf
Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Позиционная связь генов пластомов растений и водорослей. Труды 33-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’10), г. Геленджик, 20–24 сентября 2010, стр. 326–330. http://www.itas-proceedings.iitp.ru/pdf/1569319815.pdf

2009

Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Рубанов Л.И., Любецкий В.А., Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 328–331. http://www.iitp.ru/upload/content/539/itas09_proceedings.pdf
Зверко́в О.А., Селиверстов А.В., Любецкий В.А., Транскрипция генов синтеза пролина у бактерий родов Marinobacter, Pseudomonas и Shewanella регулируется белком семейства tetR. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 278–281. http://www.iitp.ru/upload/content/539/itas09_proceedings.pdf

2008

Зверко́в О.А., Программный комплекс для согласования набора эволюционных деревьев и выявления эволюционных событий. Труды 51-й научной конференции МФТИ «Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук», Москва, 28–30 ноября 2008, М.: МФТИ, 2008, часть 1, стр. 133–136. http://frtk.ru/conf/probl_pered_obrab_inf/Zverkov-site.pdf

2007

Lyubetsky V., Seliverstov A., Zverkóv O., RNA Structures upstream leuA Genes in α-proteobacteria. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’07, Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 191–192.

2006

Seliverstov A., Zverkóv O., Lyubetsky V., Translation of some chloroplast genes is checked to allow for splicing and editing. Biophysics. 2006, Vol. 51, Suppl. 1, P. S18–S22. DOI: 10.1134/S0006350906070049 http://www.springerlink.com/content/p7517k3187230111/