Созданный в 2007 году решением Ученого совета Института Математический отдел состоит в настоящее время из трех  лабораторий и одного сектора.

Лаборатория № 1 им.М.С.Пинскера - Лаборатория теории передачи информации и управления

Лаборатория № 4 - Добрушинская математическая лаборатория

Сектор № 4.1 - Сектор алгебры и теории чисел

Лаборатория №5 - Лаборатория фундаментальных основ передачи информации

Лаборатория №16 - Методы математической физики и теории информации