Основные работы сотрудников лаборатории c 2000 года

2000

Статьи

• A.G. Vitreshchak, M.S. Gel"fand “Computer analysis of control signals in bacterial genomes. Attenuators of operons of aromatic amino acids metabolism”, Molecular Biology (Moscow), 2000, Vol. 34, No. 4, P. 461–67, URL: http://www.springerlink.com/content/rn126571v2w17765/?p=7f037f93bed342e1950dae9eeaa6ee32, DOI: 10.1007/BF02759555
• А.В. Зарелуа, В.А. Любецкий «Предисловие редакторов к 1-му тому», в книге А. Маллиос «Геометрия векторных пучков», Мир, 2000, 460 стр.
• В.Г. Кановей, М. Реекен «Проблема Улама об устойчивости приближенных гомоморфизмов», в книге Динамические системы, автоматы и бесконечные группы, Сборник статей, Труды Математического института им. В.А. Стеклова, том 231, М.: Наука, 2000, стр. 249–283, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/tm/v231/p249
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Об алгоритме выявления регуляторного сигнала в наборе последовательностей», Логические исследования, вып. 7, М.: Наука, 2000, стр. 159–163
• Н.К. Верещагин, В.А. Любецкий «Алгоритм определения вторичной структуры РНК», Труды научно-исследовательского семинара логического центра ИФ РАН, вып. 14, М.: РАН, 2000, стр. 99–109

Книги

• V.A. Lyubetsky, M.J.A. Larijani “Topics in Classical and Intuitionistic Model Theory”, Gardariki, Moscow, 2000, 390 pages

Тезисы докладов

• Н.А. Кузнецов, В.А. Любецкий, А.В. Чернавский «К вопросу о понятии информационного взаимодействия, 1: допсихическая биоинформатика», Труды 2-ой международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, РАН, 2000, стр. 8–20
• A.G. Vitreschak, А.К. Bansal, M.S. Gelfand “Comparative approach to analysis of regulation in complete genomes: attenuators of aromatic amino acid operons of gamma-proteobacteria”, Proceedings of the Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS’2000), Novosibirsk, Russia, August 7–11 2000, Vol. 2, P. 57–58, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2000.html
• А.Г. Витрещак, М.С. Гельфанд «Сравнительный подход к анализу регуляции в полных геномах: аттенюаторы ароматических аминокислотных оперонов гамма-протеобактерий», Материалы школы-конференции «Горизонты физико-химической биологии», Пущино, Май 2000, стр. 231
• A.G. Vitreschak, А.А. Mironov, M.S. Gelfand “Comparative approach of regulation in complete genomes: attenuators of aromatic amino acid operons of gamma-proteobacteria”, Proceedings of the second International Conference "ComplexSystems: Control and modeling problems", Samara, Russia, June 2000, P. 141–142
• В.В. Вьюгин, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Алгоритмы выделения регуляторного сигнала и построения эволюционных деревьев», Труды 2-ой международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, РАН, 2000, стр. 130–137

2001

Статьи

• E.M. Panina, A.G. Vitreschak, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Regulation of Aromatic Amino Acid Biosynthesis in Gamma-Proteobacteria”, Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology (JMMB), Vol. 3, No. 4, Oct 2001, P. 529–543, URL: http://www.horizonpress.com/jmmb/tocs/v3n4toc.html, PMID: 11545272
• А.В. Зарелуа, В.А. Любецкий «Предисловие редакторов ко 2-му тому», в книге А. Маллиос «Геометрия векторных пучков», Мир, 2001, 442 стр.
• В.Г. Кановей «Нестандартная теория множеств в Э-языке», Математические заметки, 2001, том 70, № 1, стр. 46–50, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/mz/v70/i1/p46
• Л.В. Данилова, К.Ю. Горбунов, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий «Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК», Молекулярная биология, том 35, № 6, 2001, стр. 987–995

Препринты

• Л.В. Данилова, К.Ю. Горбунов, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий «Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК», Информационные процессы, том 1, № 1, 2001, стр. 56–63, URL: http://www.jip.ru/2001/1-1-2201.htm
• М.С. Гельфанд, В.В. Вьюгин, В.А. Любецкий «Об одном способе построения деревьев эволюции видов по множественным генетическим данным», Информационные процессы, том 1, № 1, 2001, стр. 64–77, URL: http://www.jip.ru/2001/1-1-2201.htm
• В.В. Вьюгин, В.А. Любецкий «Об одном алгоритме поиска горизонтального переноса гена на основе филогенетических деревьев белков», Информационные процессы, том 1, № 2, 2001, стр. 167–177, URL: http://www.jip.ru/2001/1-2-2001.htm
• К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая, В.А. Любецкий «О двух алгоритмах поиска альтернативной вторичной структуры РНК», Информационные процессы, том 1, № 2, 2001, стр. 178–187, URL: http://www.jip.ru/2001/1-2-2001.htm

Тезисы докладов

• Н.А. Кузнецов, В.А. Любецкий, А.В. Чернавский «К вопросу о понятии информационного взаимодействия, 2: доречевой интеллект», Труды 3-ей международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, РАН, 2001, стр. 25–42
• A.G. Vitreschak, А.А. Mironov, M.S. Gelfand “Computer prediction of RNA secondary structure. The RNApattern program: searching for RNA secondary structure by the pattern rule”, Proceedings of the third International Conference "ComplexSystems: Control and modeling problems", Samara, Russia, June 2001, P. 623–625
• A.G. Vitreschak “Computer analysis of regulation of genes, encoding aminoacyl-tRNA synthetases and amino acid biosynthetic proteins in Gram positive bacteria: T-box RNA regulatory element. Prediction of regulation of new genes, including amino acid transporters”, Abstracts of International School “Artifical Intelligence and Heuristic Methods for Bioinformatics”, Italy, San-Miniato, October 1–11 2001, P. 63
• M.S. Gelfand, O.N. Laikova, А.А. Mironov, P.S. Novichkov, E.M. Panina, D.A. Rodionov, A.G. Vitreschak “Comparative analysis of bacterial patterns”, Abstracts of Meeting of HHMI International Research Scholars, Vancouver, Canada, June 20–23 2001, P. 75
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Об одном вероятностном алгоритме решения NP-полной проблемы», Труды третьей международной конференции «Смирновские чтения» РАН, Москва, 2001, стр. 47–49
• V.A. Lyubetsky “First projective sets, AE-prefix and quantifiers elimination”, Abstracts of International conference on Mathematical Logic, Algebra and Set theory dedicated to the 100-th anniversary of P.S. Novikov, Steklov Mathematical Institute RAS, Moscow, August 27–31 2001, P. 27
• Л.В. Данилова, В.А. Любецкий «Алгоритм выделения регуляторных сигналов: тестирование и биологические применения», Труды 3-ей международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, РАН, 2001, стр. 632–634

2002

Статьи

• A.G. Vitreschak, D.A. Rodionov, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Regulation of riboflavin biosynthesis and transport genes in bacteria by transcriptional and translational attenuation”, Nucleic Acids Research, Vol. 30, No. 14, July 15 2002, P. 3141–3151, Oxford University Press, URL: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=12136096, PMID: 12136096
• D.A. Rodionov, A.G. Vitreschak, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Comparative Genomics of Thiamin Biosynthesis in Procaryotes. New Genes and Regulatory Mechanisms”, The Journal of Biological Chemistry, Vol. 277, No. 50, Dec 13 2002, P. 48949–48959, URL: http://www.jbc.org/content/277/50/48949, PMID: 12376536
• В.В. Вьюгин, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий «Согласование деревьев: реконструкция эволюции видов по филогенетическим деревьям генов», Молекулярная биология, том 36, № 5, 2002, стр. 807–816

Препринты

• А.Г. Витрещак «Компьютерное предсказание регуляторных сайтов мРНК. Анализ регуляции экспрессии генов биосинтеза аминокислот и генов, кодирующих тРНК-синтетазы в грам-положительных бактериях», Информационные процессы, том 2, № 1, 2002, стр. 91–95, URL: http://www.jip.ru/2002/2-1-2002.htm
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Алгоритм поиска консервативных вторичных структур в наборе фрагментов РНК», Информационные процессы, том 2, № 1, 2002, стр. 55–58, URL: http://www.jip.ru/2002/2-1-2002.htm
• Л.А. Леонтьев, Е.В. Любецкая, В.А. Любецкий «Модифицированный алгоритм поиска альтернативных вторичных структур РНК и результаты счета», Информационные процессы, том 2, № 1, 2002, стр. 100–105, URL: http://www.jip.ru/2002/2-1-2002.htm
• В.В. Вьюгин, В.А. Любецкий «О некоторых способах отбора горизонтально перенесенных генов на основе филогенетических данных», Информационные процессы, том 2, № 1, 2002, стр. 120–140, URL: http://www.jip.ru/2002/2-1-2002.htm

Тезисы докладов

• Н.А. Кузнецов, В.А. Любецкий, А.В. Чернавский «К вопросу о понятии информационного взаимодействия, 3: речевой интеллект», Труды 4-ой Международной конференции РАН «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 17–23 июня 2002, стр. 7–17
• L.V. Danilova, M.S. Gelfand “Search for regulatory signals in groups of orthologous genes of gamma-proteobacteria”, Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 2, P. 21–22, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2002.html
• E.M. Panina, A.G. Vitreschak, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Bioinformatics approach to analysis of regulation of aromatic amino acids biosynthesis in Bacillus/Clostridium group”, Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 2, P. 32–34, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2002.html
• A.G. Vitreschak, D.A. Rodionov, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Regulation of bacterial riboflavin genes by a conserved RNA structural element”, Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 2, P. 44–46, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2002.html
• A.G. Vitreschak, E.M. Panina, D.A. Rodionov, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Comparative analysis of RNA regulation in bacterial genomes”, Proceedings of the Meeting of International Research Scholars of the Howard Hughes Medical Institute, Palm Cove, Australia, June 25–28 2002
• A.G. Vitreschak “Computer analysis of regulation of genes, encoding aminoacyl-tRNA synthetases and amino acid biosynthetic proteins in Gram positive bacteria: T-box RNA regulatory element. Prediction of regulation of new genes, including amino acid transporters”, Proceedings of the International Summer School "From Genome to Life: Structural, Functional and Evolutionary Approaches", Cargese, Corsica, France, July 15–27 2002, P. 57–58
• V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov “Parallel algorithm for searching regulatory signal in bacterial genome”, Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 1, P. 24–27, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2002.html
• V.A. Lyubetsky, V.V. V"yugin “Method of horizontal gene transfer determination using phylogenetic data”, Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 2, P. 61–63, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2002.html
• E.V. Lyubetsky, V.A. Lyubetsky “Algorithm for searching for alternative secondary RNA structures”, Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 3, P. 14–16, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2002.html
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “An algorithm for searching for common secondary structures in a set of RNA sequences”, Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 3, P. 20–22, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2002.html

2003

Статьи

• Л.В. Данилова, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий, О.Н. Лайкова «Компьютерный анализ регуляции метаболизма глицерол-3-фосфата в геномах протеобактерий», Молекулярная биология, 2003, том 37, № 5, стр. 843–849
• М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий «ДНК: от молекулы до генома, от биохимических озарений к алгоритмическому анализу», Вестник РАН, № 11, 2003, стр. 963–970
• Е.В. Любецкая, Л.А. Леонтьев, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий «Поиск альтернативных вторичных структур РНК, регулирующих экспрессию бактериальных генов», Молекулярная биология, том 37, № 5, 2003, стр. 834–842
• A.G. Vitreschak, D.A. Rodionov, А.А. Mironov, M.S. Gelfand “Regulation of the vitamin B₁₂ metabolism and transport in bacteria by a conserved RNA structural element”, RNA, Vol. 9, No. 9, Sep 2003, P. 1084–1097, URL: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=12923257, PMID: 12923257
• D.A. Rodionov, A.G. Vitreschak, А.А. Mironov, M.S. Gelfand “Regulation of lysine biosynthesis and transport genes in bacteria: yet another RNA riboswitch?”, Nucleic Acids Research, Vol. 31, No. 23, Dec 1 2003, P. 6748–6757, URL: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=14627808, PMID: 14627808
• D.A. Rodionov, A.G. Vitreschak, А.А. Mironov, M.S. Gelfand “Comparative genomics of the vitamin B₁₂ metabolism and regulation in prokaryotes”, The Journal of Biological Chemistry, Vol. 278, No. 42, Oct 17 2003, P. 41148–41159, URL: http://www.jbc.org/cgi/content/full/278/42/41148, PMID: 12869542
• E.M. Panina, A.G. Vitreschak, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Regulation of biosynthesis and transport of aromatic amino acids in low-GC Gram-positive bacteria”, FEMS Microbiology Letters, Vol. 222, Iss. 2, May 28 2003, P. 211–220, URL: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378109703003033, PMID: 12770710
• Z. Zhang, J.N. Feige, A.B. Chang, I.J. Anderson, V.M. Brodianski, A.G. Vitreschak, M.S. Gelfand, M.H. Saier “A transporter of Escherichia coli specific for l- and d-methionine is the prototype for a new family within the ABC superfamily”, Archives of microbiology, Vol. 180, No. 2, Aug 2003, P. 88–100, URL: http://www.springerlink.com/content/ylj23b9fp53be09d/, DOI: 10.1007/s00203-003-0561-4, PMID: 12819857
• П.В. Голубцов, В.А. Любецкий «Стохастические динамические игры с информацией различного типа», Проблемы передачи информации, том 39, вып. 3, 2003, стр. 40–71, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/ppi/v39/i3/p40
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «О некоторых классических проблемах дескриптивной теории множеств», Успехи математических наук, том 58, вып. 5(353), Сентябрь – Октябрь 2003, стр. 3–88, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/umn/v58/i5/p3
• П.В. Голубцов, В.А. Любецкий «Информационная структура динамических игр и объем доступной игрокам информации», Логические исследования, вып. 10, М.: Наука, 2003, стр. 39–49, URL: http://iph.ras.ru/page50377155.htm
• К. Ю. Горбунов «Одно обобщение теоремы Гильберта о базисе», Математические заметки, том 74, № 4, 2003, стр. 508–516, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/mz/v74/i4/p508
• V.A. Lyubetsky, V.V. V"yugin “Methods of horizontal gene transfer determination using phylogenetic data”, In Silico Biology, IOS Press, Vol. 3, No. 1,2, 2003, P. 17–31, URL: http://www.bioinfo.de/isb/2003/03/0003, PMID: 12762843
• L.V. Danilova, V.A. Lyubetsky, M.S. Gelfand “An algorithm for identification of regulatory signals in unaligned DNA sequences, its testing and parallel implementation”, In Silico Biology, Vol. 3, No. 1,2, 2003, P. 33–47, URL: http://www.bioinfo.de/isb/2003/03/0004, PMID: 12762844
• В.В. Вьюгин, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий «Идентификация горизонтально перенесенных генов на основе филогенетических данных», Молекулярная биология, том 37, № 4, 2003, стр. 673–687
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий, А.А. Миронов «Поиск консервативной вторичной структуры РНК», Молекулярная биология, том 37, № 5, 2003, стр. 850–860

Препринты

• Н.А. Кузнецов, В.А. Любецкий, А.В. Чернавский «О понятии информационного взаимодействия, 1: допсихический уровень», Информационные процессы, том 3, № 1, 2003, стр. 1–22, URL: http://www.jip.ru/2003/2-1-2003.htm
• Е.В. Любецкая, Л.А. Леонтьев, В.А. Любецкий «Поиск альтернативных вторичных структур в классе гамма-протеобактерий», Информационные процессы, том 3, № 1, 2003, стр. 23–38, URL: http://www.jip.ru/2003/2-1-2003.htm
• В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов «Поиск консервативных вторичных структур РНК», Информационные процессы, том 3, № 1, 2003, стр. 47–60, URL: http://www.jip.ru/2003/2-1-2003.htm
• Н.А. Кузнецов, В.А. Любецкий, А.В. Чернавский «О понятии информационного взаимодействия, 2: допсихический уровень», Информационные процессы, том 3, № 2, 2003, стр. 154–172, URL: http://www.jip.ru/2003/3-2-2003.htm
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Некоторые алгоритмы, связанные с конечными группами», Информационные процессы, том 3, № 1, 2003, стр. 39–46, URL: http://www.jip.ru/2003/2-1-2003.htm

Тезисы докладов

• L.V. Danilova, V.A. Lyubetsky, O.N. Laikova “Computer detecting of glycerol-3-phosphate metabolism regulation in proteobacterial genomes”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’03, Moscow, Russia, July 22–25 2003, P. 52–53
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “Detecting common secondary structures in a set of RNA sequences and its testing”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’03, Moscow, Russia, July 22–25 2003, P. 83–85
• V.A. Lyubetsky, V.V. V"yugin “Complex phylogenetic analysis of evolutionary history for prokaryotes families”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’03, Moscow, Russia, July 22–25 2003, P. 146–147
• A.G. Vitreschak “Identification of RNA 5’ UTR regulatory elements and prediction of RNA riboswitch mechanism of regulation of vitamin biosynthetic and transport genes in bacteria”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow, Russia, July 22–25 2003, P. 233
• П.В. Голубцов, В.А. Любецкий «Результат информационного процесса зависит от характера и объёма доступной его участникам информации», Международная конференция РАН, Самара, 2003, стр. 445–453
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Классические проблемы дескриптивной теории множеств», Труды 4-й международной Смирновской конференции, М.: РАН, 2003, стр. 32–34
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «On the existence of regular non-definable sets of reals», Труды конференции «Колмогоров и современная математика (100 лет Колмогорову)», Москва, 2003, стр. 690
• В.Г. Кановей, М. Реекен «Некоторые новые результаты о борелевской несводимости отношений эквивалентности», Известия Российской академии наук. Серия математическая, 2003, том 67, № 1, стр. 59–82, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/izv/v67/i1/p59
• E.V. Lyubetskaya, L.A. Leont"yev, V.A. Lyubetsky “Algorithm for detecting alternative secondary RNA structures and mass analysis attenuator regulation in proteobacteria”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’03, Moscow, Russia, July 22–25 2003, P. 144–145

2004

Статьи

• L.Yu. Rusin, M.B. Sevryuk, J.P. Toennies “Simulation of the reactive scattering of F+D2 on a model family of potential energy surfaces with various topographies: the correlation approach”, The Journal of chemical physics, Vol. 120, No. 2, Jan 8 2004, P. 800–812, PMID: 15267916
• A. Kalinin, O. Kornilov, L.Yu. Rusin , J.P. Toennies “Evidence for a bound HeH2 halo molecule by diffraction from a transmission grating”, The Journal of chemical physics, Vol. 121, No. 2, July 8 2004, P. 625–627, PMID: 15260586
• A.G. Vitreschak, D.A. Rodionov, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Riboswitches: the oldest mechanism for the regulation of gene expression?”, Trends in Genetics, Vol. 20, Iss. 1, Jan 2004, P. 44–50, URL: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168952503003238, PMID: 14698618
• D.A. Rodionov, A.G. Vitreschak, A.A. Mironov, M.S. Gelfand “Comparative genomics of the methionine metabolism in Gram-positive bacteria: a variety of regulatory systems”, Nucleic Acids Research, Vol. 32, No. 11, June 23 2004, P. 3340–3353, URL: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15215334, PMID: 15215334
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «О множестве конструктивных вещественных чисел», в книге Геометрическая топология и теория множеств, Сборник статей, Труды Математического института им. В.А. Стеклова, том 247, М.: Наука, 2004, том 247, стр. 95–128, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/tm/v247/p95
• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov “Note on Cliques and Alignments”, Information Processes, Vol. 4, No. 3, 2004, P. 241–246, URL: http://www.jip.ru/2004/4-3-2004.htm
• A.G. Vitreschak, E.V. Lyubetskaya, M.A. Shirshin, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetsky “Attenuation regulation of amino acid biosynthetic operons in proteobacteria: comparative genomics analysis”, FEMS Microbiological Letters, Vol. 234, Iss. 2, May 15 2004, P. 357–370, URL: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1574-6968.2004.tb09555.x/full, DOI: 10.1016/j.femsle.2004.04.005, PMID: 15135544
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “New approach for detecting common secondary structures in a set of RNA sequences”, Biophysics (Moscow), 2004, Vol. 48, Suppl. 1 (2003), P. 56–67, URL: http://www.maik.ru/contents/biophyss/biophyss1_3v48cont.pdf
• V.A. Lyubetsky, V.V. V"yugin “Complex phylogenetic analysis of the evolutionary history for some prokaryotes family”, Biophysics (Moscow), 2004, Vol. 48, Suppl. 1 (2003), P. 97–106, URL: http://www.maik.ru/contents/biophyss/biophyss1_3v48cont.pdf

Книги

• В.А. Любецкий «Основные понятия элементарной математики», Айрис-пресс, 2004, Рекомендовано в качестве учебного пособия для университетов и пединститутов, 625 стр., URL: http://www.ozon.ru/context/detail/id/2194434/
• V.G. Kanovei, M. Reeken “Nonstandard Analysis, Axiomatically”, Series: Springer Monographs in Mathematics, 2004, XVI+408 pages, ISBN: 978-3-540-22243-9, URL: http://www.springer.com/math/analysis/book/978-3-540-22243-9

Препринты

• Н.А. Кузнецов, В.А. Любецкий, А.В. Чернавский «К вопросу о понятии информационного взаимодействия, 3: речевой интеллект», Информационные процессы, том 4, № 2, 2004, стр. 117–126, URL: http://www.jip.ru/2004/4-2-2004.htm
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Особенности синтеза цистеина у Corynebacterium, Mycobacterium и Propionibacterium», Информационные процессы, том 4, № 3, 2004, стр. 247–250, URL: http://www.jip.ru/2004/4-3-2004.htm
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Многодольные графы с двумя вершинами в каждой доле», Информационные процессы, том 4, № 2, 2004, стр. 127–132, URL: http://www.jip.ru/2004/4-2-2004.htm

Тезисы докладов

• L.A. Leont"yev, M.A. Shirshin, V.A Lyubetsky “Detection of classical attenuation in bacterial genomes”, Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2004), Novosibirsk, Russia, July 25–30 2004, Vol. 1, P. 116–118, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2004.html
• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov “Amino acid biosynthesis attenuation in bacteria”, Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2004), Novosibirsk, Russia, July 25–30 2004, Vol. 1, P. 307–310, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2004.html
• A. Vitreschak, L. Noe, G. Kucherov “Computer analysis of multiple repeats in bacteria”, Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2004), Novosibirsk, Russia, July 25–30 2004, Vol. 2, P. 297–299, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2004.html
• Н.А. Кузнецов, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий «Биоинформатика бактерий – основные задачи и характер моделей», Труды 6-й международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», 14–17 июня 2004, РАН, стр. 5–11
• V.A. Lyubetsky, K.Yu. Gorbunov, V.V. V"yugin “Inferring evolutionary events, quality of COGs, measuring the dissimilarity between gene and species trees”, Presentation abstracts of the EMBO World Phylogenetic Course 2004, Rio de Janeiro, Brazil, Nov 1–7 2004, (устное сообщение)
• A.G. Vitreschak “Detection of multiple repeats in bacteria”, Conference “Indexation de texte et decouverte de motifs. Algorithmique des sequences”, Lille, France, Dec 9–10 2004
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “A model of tryptophan biosynthesis regulation”, Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2004), Novosibirsk, Russia, July 25–30 2004, Vol. 2, P. 53–55, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2004.html
• V.A. Lyubetsky, V.V. V"yugin “Measuring the dissimilarity between gene and species trees, the quality of a COG”, Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2004), Novosibirsk, Russia, July 25–30 2004, Vol. 2, P. 281–284, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/pages/bgrs2004.html
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Модель регуляции биосинтеза», Труды 6-й международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», 14–17 июня 2004, РАН, стр. 151–153
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Геометрический метод поиска клики в графе и его применение для выделения сигнала», Труды 6-й международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», 14–17 июня 2004, РАН, стр. 154–157
• Е.В. Любецкая, Л.А. Леонтьев, М.А. Ширшин, В.А. Любецкий «Алгоритм поиска сигнала со сложной структурой», Труды 6-й международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», 14–17 июня 2004, РАН, стр. 158–162

2005

Статьи

• A.V. Seliverstov, H. Putzer, M.S Gelfand, V.A. Lyubetsky “Comparative analysis of RNA regulatory elements of amino acid metabolism genes in Actinobacteria”, BMC Microbiology, Vol. 5, No. 1, Oct 3 2005, P. 54, URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2180/5/54, PMID: 16202131
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Регуляция экспрессии генов биосинтеза аминокислот и аминоацил-тРНК синтетаз у актинобактерий», Молекулярная биология, 2005, том 39, № 6, стр. 1072–1075
• V.M. Azriel, L.Yu. Rusin, M.B. Sevryuk “The complete T-->V,R energy conversion in three-body collisions within the hard sphere model”, The Journal of chemical physics, Feb 15 2005, Vol. 122, No. 7, 074322, PMID: 15743247
• L.Yu. Rusin, M.B. Sevryuk, J.P. Toennies “Comparison of experimental time-of-flight spectra of the HF products from the F+H2 reaction with exact quantum mechanical calculations”, The Journal of chemical physics, Apr 1 2005, Vol. 122, No. 13, 134314, PMID: 15847472
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «О совершенных подмножествах инвариантных CA-множеств», Математические заметки, 2005, том 77, № 3, стр. 334–338, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/mz/v77/i3/p334
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Поиск предковых генов, нарушающих согласованность деревьев белков и видов», Молекулярная биология, 2005, том 39, № 5, стр. 847–858
• Л.А. Леонтьев, В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Алгоритм массового поиска опосредованной Т-боксом транскрипционной регуляции у бактерий», Молекулярная биология, 2005, том 39, № 6, стр. 1076–1078

Препринты

• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Регуляция трансляции в хлоропластах», Информационные процессы, том 5, № 5, 2005, стр. 400–404, URL: http://www.jip.ru/2005/5-5-2005.htm
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Поиск консервативных участков в лидерных областях генов в случае известного дерева видов», Информационные процессы, том 5, № 4, 2005, стр. 265–270, URL: http://www.jip.ru/2005/5-4-2005.htm
• В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, С.А. Пирогов, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов «Алгоритм и результаты счета для модели регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК», Информационные процессы, том 5, № 5, 2005, стр. 337–366, URL: http://www.jip.ru/2005/5-5-2005.htm
• В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, В.В. Вьюгин, Л.Ю. Русин «Удаление шума в множественном выравнивании белковых последовательностей», Информационные процессы, том 5, № 5, 2005, стр. 380–391, URL: http://www.jip.ru/2005/5-5-2005.htm

Тезисы докладов

• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov “RNA regulatory structures in Actinobacteria and Cyanobacteria”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, Moscow, Russia, July 18–21 2005, P. 351–353
• A. Vitreschak, G. Kucherov “Computer prediction of H-NS regulon in E. coli. Comparative analysis of regulation of rrn operons in proteobacteria”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, Moscow, Russia, July 18–21 2005, P. 403–405
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Регуляция трансляции у Актинобактерий и Цианобактерий с участием вторичных структур мРНК», Труды конференции РАН «Проблемы управления и моделирования в сложных системах, VII Международная конференция», Самара, 27 июня – 1 июля 2005, стр. 216–221
• Л.А. Леонтьев, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Регуляция транскрипции с участием Т-боксов», Труды конференции РАН «Проблемы управления и моделирования в сложных системах, VII Международная конференция», Самара, 27 июня – 1 июля 2005, стр. 222–224
• V.G. Kanovey, V.A. Lyubetsky “A cofinal family of equivalence relations generated by Borel ideals”, Logic Colloquium "05, A.S.L. European Summer Meeting, Athens, Greece, July 28 – August 3 2005, P. 83, URL: http://www.math.uoa.gr/lc2005/
• L.A. Leont"yev, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “An algorithm for mass searching of T-box structures in bacteria”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, Moscow, Russia, July 18–21 2005, P. 202–206
• V.A. Lyubetsky, S.A. Pirogov “A model for bacterial gene expression regulation with secondary RNA structures”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, Moscow, Russia, July 18–21 2005, P. 214–216
• V.A. Lyubetsky, V.V. V"yugin “A model for evolutionary event reconstruction”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, Moscow, Russia, July 18–21 2005, P. 217–219
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “Algorithms to reconstruct ancestral gene evolution events”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, Moscow, Russia, July 18–21 2005, P. 128–129
• L.Yu. Rusin, V.V. V"yugin, V.A. Lyubetsky “Enhancing phylogenetic inference: concentration of the signal in sequence data”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, July 18–21 2005, P. 342–346
• В.А. Любецкий, С.А. Пирогов «Модель аттенюаторной регуляции у бактерий», Труды конференции РАН «Проблемы управления и моделирования в сложных системах, VII Международная конференция», Самара, 27 июня – 1 июля 2005, стр. 205–209
• С.А. Пирогов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Макро- и микросостояния в модели аттенюаторной регуляции экспрессии генов у бактерий», Труды конференции РАН «Проблемы управления и моделирования в сложных системах, VII Международная конференция», Самара, 27 июня – 1 июля 2005, стр. 210–215
• В.А. Любецкий «Математические модели эволюции и регуляции экспрессии генов», Труды конференции РАН «Проблемы управления и моделирования в сложных системах, VII Международная конференция», Самара, 27 июня – 1 июля 2005, стр. 366–368

2006

Статьи

• A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “Translation regulation of intron containing genes in chloroplasts”, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2006, Vol. 4, No. 4, P. 783–793, PMID: 17007067
• А.В. Селиверстов, О.А. Зверков, В.А. Любецкий «Регуляция трансляции в хлоропластах ряда генов, связанных со сплайсингом и редактированием», Биофизика, 2006, том 51, приложение 1, стр. 18–22, URL: http://www.springerlink.com/content/p7517k3187230111/
• M.S. Gelfand, A.V. Gerasimova, E.A. Kotelnikova, O.N. Laikova, V.Y. Makeev, A.A. Mironov, E.M. Panina, D.A. Ravcheev, D.A. Rodionov, A.G. Vitreschak “Comparative Genomics and Evolution of Bacterial Regulatory Systems”, Article in the book Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II, Springer US, 2006, Part 1, P. 111–119, URL: http://www.springerlink.com/content/tt37j13rjp6j43m6/, DOI: 10.1007/0-387-29455-4_12
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Конфинальное семейство отношений эквивалентности и порождающих их борелевских идеалов», в книге Геометрическая топология, дискретная геометрия и теория множеств, Сборник статей, Труды Математического института им. В.А. Стеклова, том 252, М.: Наука, 2006, стр. 94–113, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/tm/v252/p94
• V.A. Lyubetsky, K.Yu. Gorbunov, L.Yu. Rusin, V.V. V’yugin “Algorithms to reconstruct evolutionary events at molecular level and infer species phylogeny”, Article in the book Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II, Springer US, 2006, Part 1, P. 189–204, URL: http://www.springerlink.com/content/q67568k37g687647/, DOI: 10.1007/0-387-29455-4_20
• А.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, М.С. Гельфанд «Потоковая модель метаболизма аминокислот кишечной палочки», Биохимия, 2006, том 71, № 11, стр. 1544–1549
• В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, С.А. Пирогов «Модель регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК», Молекулярная биология, том 40, № 3, 2006, стр. 497–511

Препринты

• Л.А. Леонтьев, В.А. Любецкий «Массовый поиск консервативных регуляторных структур, содержащих Т-боксы: результаты счета», Информационные процессы, том 6, № 1, 2006, стр. 20–23, URL: http://www.jip.ru/2006/6-1-2006.htm
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Вычисление эффективности регуляции биосинтеза триптофана у бактерий на основе модели классической аттенюации», Информационные процессы, том 6, № 1, 2006, стр. 55–57, URL: http://www.jip.ru/2006/6-1-2006.htm
• Л.А. Леонтьев, В.А. Любецкий «Алгоритм определения белка, согласованного с заданным филогенетическим профилем», Информационные процессы, том 6, № 1, 2006, стр. 24–32, URL: http://www.jip.ru/2006/6-1-2006.htm
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Алгоритм поиска консервативных участков нуклеотидных последовательностей», Информационные процессы, том 6, № 1, 2006, стр. 33–36, URL: http://www.jip.ru/2006/6-1-2006.htm
• Е.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Алгоритм поиска мощных вторичных структур в нуклеотидной последовательности и его применение для подсчета числа таких структур в разных областях геномов», Информационные процессы, том 6, № 3, 2006, стр. 258–263, URL: http://www.jip.ru/2006/6-3-2006.htm

Тезисы докладов

• E.V. Lyubetskaya, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “Detecting hairpins in 3"-untranslated regions of highly expressed genes in Actinobacteria”, Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 1, P. 99–101, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/
• A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “Translation regulation in chloroplasts”, Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 1, P. 146–149, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “Inferring regulatory signal profiles and evolution events”, Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 3, P. 151–154, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/
• A.G. Vitreschak, V.A. Lyubetsky, M.S. Gelfand “Evolutional and functional analysis of T-box regulon in bacteria: identification of new genes involved in amino acid metabolism”, Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 3, P. 236–240, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/
• А.Г. Витрещак «Регуляторные РНК-переключатели», Международная школа «биоинформатика, геномика и протеоимка», Алматы, 11–16 апреля 2006, (доклад)
• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov “Modeling classic attenuation regulation of gene expression in bacteria”, Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 1, P. 102–105, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/
• L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky “Refinement of phylogenetic signal in multiple sequence aliment: results of simulation study”, Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 3, P. 222–224, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs_proceedings/
• L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, K.Yu. Gorbunov, V.V. V"yugin “Signal concentration in multiple sequence alignment: empirical and simulation studies”, Society for Molecular Biology and Evolution Meeting 2006: Genomes, Evolution and Bioinformatics (GEB2006) conference, Tempe, Arizona, USA, May 24–28 2006, (poster presentation), URL: http://www.smbe.org/geb/

2007

Статьи

• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Регуляция транскрипции генов биосинтеза пролина у протеобактерий», Молекулярная биология, том 41, № 3, 2007, стр. 572–574
• Е.В. Любецкая, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «У актинобактерий число длинных шпилек в межгенных трейлерных областей велико по сравнению с другими областями», Молекулярная биология, 2007, том 41, № 4, стр. 739–742
• C. Peth, A. Kalinin, F Barkusky, K Mann, J.P. Toennies, L.Yu. Rusin “XUV laser-plasma source based on solid Ar filament”, The Review of scientific instruments, Oct 2007, Vol. 78, No. 10, 103509, PMID: 17979421
• M.D. Kazanov, A.G. Vitreschak, M.S. Gelfand “Abundance and functional diversity of riboswitches in microbial communities”, BMC Genomics, 2007, Vol. 8, P. 347, URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/347, DOI: 10.1186/1471-2164-8-347, PMID: 17908319
• В.А. Любецкий, С.А. Пирогов «Нестандартные представления локально компактных групп», Математические заметки, том 82, вып. 3, сентябрь 2007, стр. 383–389, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/mz/v82/i3/p383
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий, М. Реекен «О сводимости монадических отношений эквивалентности», Математические заметки, том 81, вып. 6, июнь 2007, стр. 842–854, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/mz/v81/i6/p842
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Проблемы теоретико-множественного нестандартного анализа», Успехи математических наук, том 62, вып. 1(373), январь-февраль 2007, стр. 51–122, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/umn/v62/i1/p51
• К.Ю. Горбунов «Оценка числа элементов покрытия произвольного теста на случайность частотными тестами», Проблемы передачи информации, том 43, вып. 1, 2007, стр. 56–66, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/ppi/v43/i1/p56
• V.A. Lyubetsky, S.A. Pirogov, L.V. Rubanov, A.V. Seliverstov “Modeling classic attenuation regulation of gene expression in bacteria”, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 5, Iss. 1, 2007, P. 155–180, URL: http://www.worldscinet.com/jbcb/05/0501/S0219720007002576.html, DOI: 10.1142/S0219720007002576, PMID: 17477496
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Эволюция предковых регуляторных сигналов вдоль дерева эволюции фактора транскрипции», Молекулярная биология, 2007, том 41, № 5, стр. 918–925
• E. Asarin, Th. Cachat, A. Seliverstov, T. Touili, V. Lyubetsky “Attenuation regulation as a term rewriting system”, Article in the book Algebraic Biology, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 4545, Springer Berlin / Heidelberg, P. 81–94, Proceedings of the 2nd international conference on Algebraic biology: AB"07, Castle of Hagenberg, Austria, July 2–4 2007, URL: http://www.springerlink.com/content/e6854048p7r65w73/, DOI: 10.1007/978-3-540-73433-8_7
• L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky “RNAmodel Web Server: Modeling Classic Attenuation in Bacteria”, In Silico Biology, Vol. 7, No. 3, 2007, P. 285–308, URL: http://www.bioinfo.de/isb/2007/07/0044/, PMID: 18415978

Книги

• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Современная теория множеств: начала дескриптивной динамики», Наука, 2007, 231 стр., ISBN: 978-5-02-035577-4, (монография), URL: http://www.ozon.ru/context/detail/id/3938505/

Препринты

• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Структура РНК перед геном 2-изопропилмалат синтазы у некоторых протеобактерий», Информационные процессы, том 7, № 1, 2007, стр. 113–115, URL: http://www.jip.ru/2007/7-1-2007.htm
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Борелевская сводимость сохраняется при счетном дизъюнктном объединении борелевских множеств», Препринт Петербургского отделения Математического института РАН, 2007, URL: http://www.pdmi.ras.ru/preprint/2007/07-16.html
• Л.Ю. Русин, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий «Данные для построения эволюционного дерева высших Metazoa», Информационные процессы, том 7, № 3, 2007, стр. 199–213, URL: http://www.jip.ru/2007/7-3-2007.htm

Тезисы докладов

• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov “Long helices in mRNA processing”, Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (МССМВ’07), Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 189–191
• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov “RNA Structures upstream leuA Genes in α-proteobacteria”, Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (МССМВ’07), Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 191–192
• L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky “Phylogenomics of Metazoa: Constructing the Gene Set”, Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (МССМВ’07), Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 267–268
• A.G. Vitreschak, A.A. Mironov, V.A. Lyubetsky, M.S. Gelfand “Function and evolutionary analysis of the T-box regulon in bacteria”, Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (МССМВ’07), Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 309–310
• A.G. Vitreschak, V.A. Lyubetsky, M.S. Gelfand “Analysis of evolution of T-box regulatory elements prediction of amino acid transporters and other amino acid related genes”, Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 30–37
• A.V. Seliverstov, E.A. Lysenko, V.A. Lyubetsky “Rapid evolution of promoters in Magnoliophyta chloroplasts”, Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 286–292
• А.Г. Витрещак, А.А. Миронов, В.А. Любецкий, М.С. Гельфанд «Компьютерный анализ, функциональная аннотация и изучение эволюции Т-бокс регулона в бактериях», Труды 30-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’07), Звенигород, 18–21 сентября 2007, стр. 220–221
• И. Глотова, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Псевдоузлы и РНК-триплексы в модели классической аттенюаторной регуляции», Труды 30-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’07), Звенигород, 18–21 сентября 2007, стр. 222–227
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Кластеризация и поиск промоторов у хлоропластов», Труды 30-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’07), Звенигород, 18–21 сентября 2007, стр. 321–323
• K.Yu. Gorbunov, D. Radionov, O.N. Laikova, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetsky “Reconstruction of ancestral regulatory signal along a phylogeny”, Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (МССМВ’07), Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 111–113
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “Modeling evolution of the nucleotide sequence with secondary structure”, Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 68–75
• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, K.Yu. Gorbunov, “Models of gene expression regulation and evolution of regulatory elements”, Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 158–165
• L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky “Algorithms to model gene evolution events and reconstruct multigene phylogenetics of species”, Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 274–277
• В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, К.Ю. Горбунов, А.В. Селиверстов «Модель эволюции нуклеотидной последовательности», Труды конференции «Математические методы распознавания образов», 2007, стр. 605–609

2008

Статьи

• A.G. Vitreschak, A.A. Mironov, V.A. Lyubetsky, M.S. Gelfand “Comparative genomic analysis of T-box regulatory systems in bacteria”, RNA, Cambridge University Press, Vol. 14, No. 4, Apr 2008, P. 717–735, URL: http://rnajournal.cshlp.org/content/14/4/717.full, DOI: 10.1261/rna.81930, PMID: 18359782
• В.Г. Кановей, Т. Линтон, В.А. Успенский «Игровой подход к мере Лебега», Математический сборник, 2008, том 199, № 11, стр. 21–44, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/msb/v199/i11/p21
• В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, Л.И. Рубанов «Гиббсовский подход в задаче эволюции регуляторного сигнала экспрессии гена», Проблемы передачи информации, том 43, вып. 4, 2008, стр. 52–71, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/ppi/v44/i4/p52

Книги

• V.G. Kanovei “Borel equivalence relations: structure and classification”, University Lectures series of the AMS, Vol. 44, 2008, 240 pages, ISBN-10: 0-8218-4453-9, ISBN-13: 978-0-8218-4453-3, URL: http://www.ams.org/bookstore-getitem/item=ulect-44

Препринты

• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «О квадратичных формах, равных единице на большом множестве вершин n-мерного куба», Информационные процессы, том 8, № 4, 2008, стр. 201–204, URL: http://www.jip.ru/2008/8-4-2008.htm

Тезисы докладов

• I. Glotova, V.A. Lyubetsky “Classical attenuation regulation model”, Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 85, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs2008/index.html
• K.V. Lopatovskaya, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “RNA structures upstream the 2-isopropylmalate synthase encoding gene in alfa-proteobacteria and actinobacteria”, Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 144, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs2008/index.html
• E.A. Lysenko, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “Analysis of Sig3, Sig4 and Sig6 evolution on new genomic data”, Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 147, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs2008/index.html
• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov “On evolution of promoters in plastomes”, Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 217, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs2008/index.html
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Борелевская сводимость как аддитивное свойство областей», в книге Исследования по конструктивной математике и математической логике. XI, Записки научных семинаров ПОМИ, том 358, СПб.: ПОМИ, 2008, стр. 189–198, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/znsl/v358/p189
• Sy-D. Friedman, V.G Kanovei, V.A Lyubetsky “On ROD reducibility of equivalence relations in Solovay model”, Article in the book Proceedings of the International Conference “Methods of Logic in Mathematics V”, Saint-Petersburg, Russia, June 1–7 2008, P. 6
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «О квадратичных формах ранга n-2, равных единице на большом множестве вершин n-мерного куба», Труды 51-й научной конференции МФТИ, Москва, 2008, стр. 150–153
• В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов «Выравнивание последовательностей на основе дерева», Труды 9-й Международной конференции РАН «Распознавание образов и анализ изображений: новые информационные технологии», Нижний Новгород, 15–20 сентября 2008, стр. 137–140
• V.A Lyubetsky “Models of gene expression regulation and evolution of regulatory elements”, Proceedings of the Fifth International Conference of Applied Mathematics and Computing, Plovdiv, Bulgaria, August 12–18 2008, P. 17–19
• K.Yu. Gorbunov, V.G. Kanovei, V.A. Lyubetsky “Inferring optimal scenario of gene evolution along a species tree”, Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 90, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs2008/index.html
• V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov “A model of regulatory signal evolution”, Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 148, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs2008/index.html
• L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “Multiple alignment based on species tree”, Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS"2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 212, URL: http://www.bionet.nsc.ru/meeting/bgrs2008/index.html
• О.А. Зверков «Программный комплекс для согласования набора эволюционных деревьев и выявления эволюционных событий», Труды 51-й научной конференции МФТИ, Москва, 2008, стр. 133–136
• К.В. Лопатовская, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Об одном подходе к поиску регуляции в дискретных последовательностях», Труды 51-й научной конференции МФТИ, Москва, 2008, стр. 141–143
• Е.В. Любецкая, К.Ю. Горбунов «Алгоритмы реконструкции эволюции регуляторных сигналов», Труды 51-й научной конференции МФТИ, Москва, 2008, стр. 144–146
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Алгоритмы для поиска многобоксовых сигналов и их применения», Труды 51-й научной конференции МФТИ, Москва, 2008, стр. 147–149

2009

Статьи

• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Механизм регуляции транспорта марганца у Brucella с участием длинной спирали РНК», Биофизика, том 54, вып. 2, 2009, стр. 222–225
• А.В. Селиверстов, Е.А. Лысенко, В.А. Любецкий «Быстрая эволюция промоторов пластомных генов ndhF у цветковых растений», Физиология растений, том 56, № 6, 2009, стр. 926–934
• K.V. Mikhailov, A.V. Konstantinova, M.A. Nikitin, P.V. Troshin, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, Yu.V. Panchin, A.P. Mylnikov, L.L. Moroz, S. Kumar, V.V. Aleoshin “The origin of Metazoa: a transition from temporal to spatial cell differentiation”, BioEssays, Vol. 31, Iss. 7, July 2009, P. 758–768, URL: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.200800214/full, DOI: 10.1002/bies.200800214, PMID: 19472368
• M.S. Gelfand, A.E. Kazakov, Yu.D. Korostelev, O.N. Laikova, A.A. Mironov, A.B. Rakhmaninova, D.A. Ravcheev, D.A. Rodionov, A.G. Vitreschak “Evolution of Regulatory Systems in Bacteria (Invited Keynote Talk)”, Article in the book Bioinformatics Research and Applications, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 5542, Proceedings of the 5th International Symposium, ISBRA 2009, Fort Lauderdale, FL, USA, May 13–16 2009, P. 1–4, URL: http://dblp.uni-trier.de/db/conf/isbra/isbra2009.html, DOI: 10.1007/978-3-642-01551-9_1
• Т.А. Садовская, А.В. Селиверстов «Анализ 5"-лидерных областей некоторых генов пластид у простейших типа Apicomplexa и у красных водорослей», Молекулярная биология, том 43, № 4, 2009, стр. 599–604
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «О симметричных матрицах с неопределенной главной диагональю», Проблемы передачи информации, том 45, вып. 3, 2009, стр. 73–78, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/ppi/v45/i3/p73
• V.G. Kanovei, V.A. Lyubetsky “Borel reducibility as an additive property of domains”, Journal of Mathematical Sciences, Vol. 158, No. 5, 2009, P. 708–712, URL: http://www.springerlink.com/content/t61n117p753548n1/, DOI: 10.1007/s10958-009-9406-2
• V.G. Kanovei, V.A. Lyubetsky “Reasonable non-Radon-Nikodym ideals”, Topology and its Applications, Vol. 156, No. 5, 2009, P. 911–914
• В.Г. Кановей «Об упорядоченных структурах Хаусдорфа», Известия Российской академии наук. Серия математическая, 2009, том 73, № 5, стр. 83–104, URL: http://mi.mathnet.ru/rus/izv/v73/i5/p83
• К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая, Е.В. Асарин, В.А. Любецкий «Реконструкция у бактерий эволюции регуляторных сигналов, основанных на вторичной структуре», Молекулярная биология, том 43, № 3, 2009, стр. 527–541
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Реконструкция эволюции генов вдоль дерева видов», Молекулярная биология, 2009, том 43, № 5, стр. 946–958

Препринты

• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Совместная регуляция белков, гомологичных рубредоксину, у диатомовых водорослей и паразитов Piroplasmida», Информационные процессы, том 9, № 1, 2009, стр. 30–33, URL: http://www.jip.ru/2009/9-1-2009.htm

Тезисы докладов

• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Регуляция экспрессии пластидных белков у паразитов, водорослей и растений», Труды 5-го Биоинформатического конгресса, Москва, 2009, стр. 387–388
• В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов «Конкуренция РНК-полимераз, транскрибирующих локус в противоположных направлениях», Труды съезда генетиков и селекционеров и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Москва, 21–27 июня 2009, часть II, стр. 68
• K.V. Lopatovskaya, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “Chlorophyll synthesis regulation in plant chloroplasts”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’09, Moscow, Russia, July 20–23 2009, P. 217–218
• V.A. Lyubetsky, K.V. Lopatovskaya “Comparative genomic analysis of the attenuation regulation of amino acid and amino acyl-tRNA biosynthesis operons in bacteria”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’09, Moscow, Russia, July 20–23 2009, P. 219–220
• К.В. Лопатовская, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Транскрипция генов синтеза пролина у бактерий родов Marinobacter, Pseudomonas и Shewanella регулируется белком семейства tetR», Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 278–281, URL: http://www.iitp.ru/ru/conferences/539.htm
• О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий «Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов», Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 328–331, URL: http://www.iitp.ru/ru/conferences/539.htm
• К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая «Реконструкция эволюции белковых семейств», Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 332–334, URL: http://www.iitp.ru/ru/conferences/539.htm
• В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов «Прямые повторы в некодирующих областях хлоропластов у семенных растений», Труды 52-й научной конференции МФТИ «Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук», Часть I. Радиотехника и кибернетика, том 1, М.: МФТИ, 2009, стр. 116–117, URL: http://mipt.ru/nauka/conf_mipt/52conf/materialy.html
• V.G. Kanovei, V.A. Lyubetsky, M. Reeken “Nonstandard class and superset theories”, Logic and Mathematics, Department of Mathematics, The University of York, August 3–7 2009, P. 21
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Об эллипсоидах, внутри которых нет целых точек», Труды 52-й научной конференции МФТИ «Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук», Часть I. Радиотехника и кибернетика, том 1, М.: МФТИ, 2009, стр. 128–130, URL: http://mipt.ru/nauka/conf_mipt/52conf/materialy.html
• V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov “Gibbs Field for Evolutionary Analysis of Regulatory Signal of Gene Expression under Constraints on Secondary Structure”, The 18th IMACS World Congress on Computational and Applied Mathematics & Applications in Science and Engineering, August 3–5 2009, The University of Georgia, Athens, GA 30602-7404, USA, P. 54
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “Inferring gene evolution along a species tree”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’09, Moscow, Russia, July 20–23 2009, P. 120–121

2010

Статьи

• К.В. Лопатовская, К.Ю. Горбунов, Л.Ю. Русин, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Эволюция транскрипционной регуляции синтеза пролина у гамма-протеобактерий», Вестник Московского университета. Биология, том 65, № 4, 2010, стр. 92–94
• К.В. Лопатовская, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Аттенюаторная регуляция оперонов биосинтеза аминокислот и аминоацил-тРНК у бактерий: сравнительный геномный анализ», Молекулярная биология, том 44, № 1, 2010, стр. 140–151
• K.Yu. Gorbunov, O.N. Laikova, D.A. Rodionov, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetsky “Evolution of regulatory motifs of bacterial transcription factors”, In Silico Biology, Vol. 10, 0012, 2010, URL: http://www.bioinfo.de/isb/2010/10/0012/
• J.-Ph. Doyon, C. Scornavacca, K.Yu. Gorbunov, G.J. Szollosi, V. Ranwez, V. Berry “An Efficient Algorithm for Gene/Species Trees Parsimonious Reconciliation with Losses, Duplications and Transfers”, Article in the book Comparative Genomics, Lecture Notes in Computer Science, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2010, Vol. 6398, P. 93–108, URL: http://www.springerlink.com/content/d8h78633p3n31268/, DOI: 10.1007/978-3-642-16181-0_9
• V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov “Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta”, Biology Direct, 2010, Vol. 5, No. 1, 34, URL: http://www.biology-direct.com/content/5/1/34, DOI: 10.1186/1745-6150-5-34, PMID: 20459727

Книги

• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Современная теория множеств: борелевские и проективные множества», М.: МЦНМО, 2010, 320 стр., (монография)

Препринты

• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «О вещественных точках на многообразии четвёртой степени, ближайших к данной точке», Информационные процессы, том 10, № 3, 2010, стр. 245–246, URL: http://www.jip.ru/2010/10-3-2010.htm
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Об одном алгоритме согласования деревьев генов и видов с учетом дупликаций, потерь и горизонтальных переносов генов», Информационные процессы, том 10, № 2, 2010, стр. 140–144, URL: http://www.jip.ru/2010/10-2-2010.htm

Тезисы докладов

• V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov “Interaction between nucleome and plastome: heat shock response regulation in plastids of plants”, Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology (BGRSSB"2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 161
• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov “Fast and slow evolution of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta”, Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-2), Moscow, Russia, May 18–21 2010, Torus Press, P. 54
• K.V. Lopatovskaya, K.Yu. Gorbunov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “The Evolution of Proline Synthesis Transcriptional Regulation in Gamma Proteobacteria”, Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-2), Moscow, Russia, May 18–21 2010, Torus Press, P. 132–133
• K.V. Lopatovskaya, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “The Evolution of NtcA- and NtcB-regulons in Cyanobacteria and Rhodophyte Chloroplasts”, Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-2), Moscow, Russia, May 18–21 2010, Torus Press, P. 134–135
• К.В. Лопатовская, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Регулоны факторов NtcA и NtcB у цианобактерий и багрянок», Труды 33-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’10), г. Геленджик, 20–24 сентября 2010, стр. 339–342, URL: http://www.itas-proceedings.iitp.ru/search.html
• М.И. Щелкунов, В.А. Любецкий «Электростатическое поле и длина межгенных областей связаны с диффузией белковых факторов», Труды 33-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’10), г. Геленджик, 20–24 сентября 2010, стр. 382–384, URL: http://www.itas-proceedings.iitp.ru/search.html
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «О функции Гильберта множества вершин куба», Труды 53-й научной конференции МФТИ, часть 1, том 1, М.: МФТИ, 2010, стр. 123–124
• V.G. Kanovei, V.A. Lyubetsky “Julius Koenig sets as higher infinity”, Abstracts of the International Workshop “Infinite and Infinitesimal in Mathematics, Computing and Natural Sciences”, Grand Hotel San Michele, Cetraro, Italy, May 17–21 2010, University of Calabria, Italy, P. 27, URL: http://www.theinfinitycomputer.com/Infinity2010/
• K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky “A fast algorithm of building species supertrees with a set of gene trees”, Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology (BGRSSB"2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 92
• A.V. Seliverstov, L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky “Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta”, Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology (BGRSSB"2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 170
• О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Позиционная связь генов пластомов растений и водорослей», Труды 33-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’10), г. Геленджик, 20–24 сентября 2010, стр. 326–330, URL: http://www.itas-proceedings.iitp.ru/search.html
• О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Об одном алгоритме кластеризации белков», Труды 53-й научной конференции МФТИ, часть 1, том 1, М.: МФТИ, 2010, стр. 118–119

2011

Статьи

• К.В. Лопатовская, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Регулоны NtcA и NtcB у цианобактерий и хлоропластов водорослей отдела Rhodophyta», Молекулярная биология, том 45, № 3, 2011, стр. 570–574, URL: http://www.maikonline.com/maik/showArticle.do?auid=VAGOH4CNK8
• V.M. Azriel, E.V. Kolesnikova, L.Yu. Rusin, M.B. Sevryuk “Dynamical mechanisms of direct three-body recombination”, The journal of physical chemistry. A, Vol. 115, No. 25, Jun 30 2011, P. 7055–7064, PMID: 21557593
• V.N. Lazarev, S.A. Levitskii, Y.I. Basovskii, M.M. Chukin, T.A. Akopian, V.V. Vereshchagin, E.S. Kostrjukova, G.Y. Kovaleva, M.D. Kazanov, D.B. Malko, A.G. Vitreschak, N.V. Sernova, M.S. Gelfand, I.A. Demina, M.V. Serebryakova, M.A. Galyamina, N.N. Vtyurin, S.I. Rogov, D.G. Alexeev, V.G. Ladygina, V.M. Govorun “Complete Genome and Proteome of Acholeplasma laidlawii”, Journal of bacteriology, Vol. 193, No. 18, Sep 2011, P. 4943–4953, PMID: 21784942
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Эффективная минимальная кодировка несчетных множеств», Сибирский математический журнал, 2011, (в печати)
• В.Г. Кановей, В.А. Любецкий «Об эффективной компактности и сигма-компактности», Математические заметки, 2011, (в печати)
• V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov “Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level”, Biology Direct, Vol. 6, No. 1, 3, 2011, URL: http://www.biology-direct.com/content/6/1/3, DOI: 10.1186/1745-6150-6-3, PMID: 21255416
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Дерево, ближайшее в среднем к данному набору деревьев», Проблемы передачи информации, том 47, вып. 3, 2011, стр. 64–79

Препринты

• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «О функции Гильберта на множестве вершин куба», Информационные процессы, том 11, № 1, 2011, (в печати)

Тезисы докладов

• К.В. Лопатовская, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Регулоны NtcA и NtcB у цианобактерий и хлоропластов», Труды VI московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 21–25 марта 2011, стр. 395–396
• K.V. Lopatovskaya, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky “Bacterial type RNA polymerase sigma subunits and their specific promoters in plastids”, Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’11, Moscow, Russia, July 21–24 2011, P. 209–210, URL: http://mccmb.belozersky.msu.ru/2011/
• К.В. Лопатовская, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Транскрипция в пластидах кокцидий», Труды 34-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’11), г. Геленджик, 2–7 октября 2011
• А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Эволюция РНК-полимераз и их промоторов в пластидах», Записки юбилейной биологической конференции ИППИ РАН, сентябрь 2011
• В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов «Тканеспецифичная транскрипция в митохондриях хордовых в развитии организма», Записки юбилейной биологической конференции ИППИ РАН, сентябрь 2011
• V.G. Kanovei, V.A. Lyubetsky “On the Hausdorff pantachy existance problem”, Proceedings of the International Mathematical Conference “50 Years Of IITP”, Moscow, Russia, July 25–29 2011
• K.Yu. Gorbunov, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky “An accurate algorithm of cubic complexity to build supertrees”, Proceedings of Conference “Deep Metazoan Phylogeny 2011”, Germany, October 2011
• V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov “Mathematical problems in biological evolution and molecular regulation”, Proceedings of the International Mathematical Conference “50 Years Of IITP”, Moscow, Russia, July 25–29 2011
• В.A. Любецкий, А. Миссарова «Суперкомпьютерное моделирование конкуренции РНК-полимераз», Записки юбилейной конференции ИППИ РАН, декабрь 2011

2012

Статьи

• О.А. Зверков, Л.Ю. Русин, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Вставки прямых повторов в микроэволюции пластид и митохондрий семенных растений», Вестник МГУ (биология), 2012, (в печати)
• К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Быстрый алгоритм построения супердерева видов по набору белковых деревьев», Молекулярная биология, 2012, (в печати)

Список создан: 03.09.2011