Научная деятельность >> Семинары >> Открытый семинар лаборатории №6
Открытый семинар Лаборатории №6 "Математические методы и модели в биоинформатике"
Семинар посвящён в основном математическим методам и моделям в математической биологии, а в меньшей степени примыкающим проблемам дискретной оптимизации и математической логики.
Семинар проходит один раз в месяц по четвергам с 15.00 по адресу: Москва, Большой Каретный переулок, д.19. стр.1., ИППИ РАН, аудитория 615.
Руководитель В.А. Любецкий. По вопросам участия просьба обращаться к секретарю семинара - О.А. Зверкову.
8 декабря 2022 года, 1500, аудитория 615.
Тема: Статистический анализ связи расстояний между генами и температуры окружающей среды у бактерий, архей и водорослей.
Докладчики: Любецкий Василий Александрович, Селиверстов Александр Владиславович (лаб. 6)
Аннотация:
Обсуждается вопрос о возможности статистических закономерностей между геномом вида и средой, в которой вид живёт. В эволюции вид после значимого изменения температуры, наиболее для него благоприятной, меняет расстояния между генами. Здесь могут быть и другие факторы среды, как и другие характеристики генома. Расстояние можно понимать как медиану расстояний между соседними генами. Статистический анализ рассмотренных видов (бактерий, архей и водорослей), в частности, приводит к следующим заключениям. Высокая температура и большая медиана не встречаются. Высокая температура часто сочетается с маленькой медианой. Обычно существует значение температуры, при которой виды демонстрируют большое разнообразие медиан.
Мы сосредоточимся на постановке этого вопроса, а в качестве иллюстрации расскажем о регрессионных связях для упомянутых видов.
Температура среды и расстояния между генами существенно влияют на внутриклеточные процессы. Например, они влияют на один из основных процессов – чтение ДНК полимеразой (элонгация РНК-полимеразы): скорость чтения становится выше, а гены становятся ближе друг к другу.
29 сентября 2022 года
Открытый семинар лабораторий Математических методов и моделей в биоинформатике и Методы анализа и цифровой обработки изображений.
Тема: Компьютерный поиск генов, потеря/приобретение которых в эволюции может лежать в основе потери/приобретении фенотипического признака
Докладчики: Любецкий Василий Александрович (лаб. №6, ИППИ РАН), Рубанов Лев Израилевич (лаб. №2, ИППИ РАН)
Аннотация: В докладе будет рассказано о недавнем результате авторов (совместно с лабораторией института биоорганической химии им. Шемякина-Овчинникова), представленном в биологический журнал. В докладе будет рассказано об общем методе, который позволяет находить гены, присутствующие в одном множестве видов и отсутствующие в другом множестве видов; сами множества подбираются по присутствию и соответственно отсутствию у них интересующего признака, который выбран заранее. В работе метод применяется к биологическим признакам (холоднокровность против теплокровности, неразвитый передний мозг против развитого, низкая видовая продолжительность жизни против высокой и т.д.). Задача поиска соответствия явлений на столь далёких уровнях организации материи (в биологии: ген – фенотипический признак) может быть интересной и в других контекстах.
Семинар открытый, предполагается обсуждение.
|