Открытый семинар Лаборатории №6
"Математические методы и модели в биоинформатике" 

Семинар посвящён в основном математическим методам и моделям в математической биологии, а в меньшей степени примыкающим проблемам дискретной оптимизации и математической логики.

Семинар проходит один раз в месяц по четвергам с 15.00 по адресу: Москва, Большой Каретный переулок, д.19. стр.1., ИППИ РАН, аудитория 615.

Руководитель В.А. Любецкий.
По вопросам участия просьба обращаться к секретарю семинара - О.А. Зверкову.

8 декабря 2022 года, 15⁰⁰,  аудитория 615.

Тема: Статистический анализ связи расстояний между генами и температуры окружающей среды у бактерий, архей и водорослей.

Докладчики: Любецкий Василий Александрович, Селиверстов Александр Владиславович (лаб. 6)

Аннотация: 

Обсуждается вопрос о возможности статистических закономерностей между геномом вида и средой, в которой вид живёт. В эволюции вид после значимого изменения температуры, наиболее для него благоприятной, меняет расстояния между генами. Здесь могут быть и другие факторы среды, как и другие характеристики генома. Расстояние можно понимать как медиану расстояний между соседними генами. Статистический анализ рассмотренных видов (бактерий, архей и водорослей), в частности, приводит к следующим заключениям. Высокая температура и большая медиана не встречаются. Высокая температура часто сочетается с маленькой медианой. Обычно существует значение температуры, при которой виды демонстрируют большое разнообразие медиан.

Мы сосредоточимся на постановке этого вопроса, а в качестве иллюстрации расскажем о регрессионных связях для упомянутых видов.

Температура среды и расстояния между генами существенно влияют на внутриклеточные процессы. Например, они влияют на один из основных процессов – чтение ДНК полимеразой (элонгация РНК-полимеразы): скорость чтения становится выше, а гены становятся ближе друг к  другу.

29 сентября 2022 года

Открытый семинар лабораторий Математических методов и моделей в биоинформатике и Методы анализа и цифровой обработки изображений.

Тема: Компьютерный поиск генов, потеря/приобретение которых в эволюции может лежать в основе потери/приобретении фенотипического признака

Докладчики: Любецкий Василий Александрович (лаб. №6, ИППИ РАН), Рубанов Лев Израилевич (лаб. №2, ИППИ РАН)

Аннотация: В докладе будет рассказано о недавнем результате авторов (совместно с лабораторией института биоорганической химии им. Шемякина-Овчинникова), представленном в биологический журнал. В докладе будет рассказано об общем методе, который позволяет находить гены, присутствующие в одном множестве видов и отсутствующие в другом множестве видов; сами множества подбираются по присутствию и соответственно отсутствию у них интересующего признака, который выбран заранее.  В работе метод применяется к биологическим признакам (холоднокровность против теплокровности, неразвитый передний мозг против развитого, низкая видовая продолжительность жизни против высокой и т.д.). Задача поиска соответствия явлений на столь далёких уровнях организации материи (в биологии: ген – фенотипический признак) может быть интересной и в других контекстах. 

Семинар открытый, предполагается обсуждение.