Структура института >> Научные подразделения >> УНЦ «Биоинформатика»
Учебно-научный центр «Биоинформатика»
http://www.rtcb.iitp.ru/
Основные направления исследований сотрудников центра – это:
• сравнительная геномика;
• функциональная аннотация генов и белков;
• методы и алгоритмы идентификации регуляторных мотивов;
• метаболическая реконструкция и моделирование;
• эволюция метаболических путей и регуляторных систем;
• альтернативный сплайсинг и редактирование мРНК и их эволюция;
• пан-геномика, эволюция бактериальных геномов;
• метагеномика;
• анализ пространственных структур белков, РНК, белок-нуклеиновых комплексов;
• системная биология;
• транскриптомика и эпигеномика, анализ пространственной структуры хроматина, анализ РНК-ДНКовых контактах у эукариот.
Среди основных научных результатов Центра:
• оригинальная методика сравнительного анализа регуляторных сигналов в геномах прокариот;• обнаружение нового типа регуляторных сигналов – РНК-переключателей;
• описание новых ферментов, транспортеров, регуляторов (многие предсказания были затем проверены и подтверждены в экспериментальных работах дружественных лабораторий и независимо);
• описание эволюции регуляторных сетей и семейств факторов транскрипции;
• анализ эволюции бактериальных геномов: увеличение частоты транспозонов и геномных перестроек и уменьшение частоты гомологичной рекомбинации у молодых паразитов; объективное определение вида бактерий на основе анализа пан-геномов и классификация вторичных регулонов на хромиды и плазмиды на основе соотношения размеров с хромосомой;
• описание фазовых вариаций в геномах патогенов;
• обнаружение четверного кодона (обязательного сдвига рамки) в геномах инфузорий;
• обнаружение положительного отбора в сайтах редактирования мРНК у головоногих моллюсков;
• анализ пространственной структуры хроматина, в т.ч. единичных клеток;
• описание воспроизведения эмбриональной транскрипционной программы в куколках насекомых с полным превращением;
• доказательство отсутствия энтеротипов метагеномов человека.
Сотрудники Центра разрабатывают учебные планы, курсы лекций, сборники упражнений по биоинформатике, читают лекции и ведут занятия на факультете биоинженерии и биоинформатики МГК, в программах «Науки о жизни» Сколтеха и «Анализ данных в биологии и медицине» факультета компьютерных наук ВШЭ.
Сотрудники:
- Артамонова Ирена Игоревна - старший научный сотрудник
- Бессонова Татьяна Александровна - младший научный сотрудник
- Быкова Надежда Анатольевна - стажер-исследователь
- Герасимов Евгений Сергеевич - стажер-исследователь
- Ермакова Екатерина Олеговна - научный сотрудник к.н.
- Коростелев Юрий Дмитриевич - младший научный сотрудник
- Степанова Вита Васильевна - стажер-исследователь
- Татаринова Татьяна Валерьевна - старший научный сотрудник к.н.
- Тутукина Мария Николаевна - ведущий научный сотрудник (к.н.)
- Храмеева Екатерина Евгеньевна - младший научный сотрудник
- Шелякин Павел Владимирович - младший научный сотрудник
|