Учебно-научный центр «Биоинформатика»

Заведующий центром — Гельфанд Михаил Сергеевич

http://www.rtcb.iitp.ru/

Основные направления исследований сотрудников центра – это:

• сравнительная геномика;

• функциональная аннотация генов и белков;

• методы и алгоритмы идентификации регуляторных мотивов;

• метаболическая реконструкция и моделирование;

• эволюция метаболических путей и регуляторных систем;

• альтернативный сплайсинг и редактирование мРНК и их эволюция;

• пан-геномика, эволюция бактериальных геномов;

• метагеномика;

• анализ пространственных структур белков, РНК, белок-нуклеиновых комплексов;

• системная биология;

• транскриптомика и эпигеномика, анализ пространственной структуры хроматина, анализ РНК-ДНКовых контактах у эукариот.

Среди основных научных результатов Центра:

• оригинальная методика сравнительного анализа регуляторных сигналов в геномах прокариот;• обнаружение нового типа регуляторных сигналов – РНК-переключателей;

• описание новых ферментов, транспортеров, регуляторов (многие предсказания были затем проверены и подтверждены в экспериментальных работах дружественных лабораторий и независимо); 

• описание эволюции регуляторных сетей и семейств факторов транскрипции;

• анализ эволюции бактериальных геномов: увеличение частоты транспозонов и геномных перестроек и уменьшение частоты гомологичной рекомбинации у молодых паразитов; объективное определение вида бактерий на основе анализа пан-геномов и классификация вторичных регулонов на хромиды и плазмиды на основе соотношения размеров с хромосомой;

• описание фазовых вариаций в геномах патогенов;

• обнаружение четверного кодона (обязательного сдвига рамки) в геномах инфузорий;

• обнаружение положительного отбора в сайтах редактирования мРНК у головоногих моллюсков;

• анализ пространственной структуры хроматина, в т.ч. единичных клеток;

• описание воспроизведения эмбриональной транскрипционной программы в куколках насекомых с полным превращением;

• доказательство отсутствия энтеротипов метагеномов человека.

Сотрудники Центра разрабатывают учебные планы, курсы лекций, сборники упражнений по биоинформатике, читают лекции и ведут занятия на факультете биоинженерии и биоинформатики МГК, в программах «Науки о жизни» Сколтеха и «Анализ данных в биологии и медицине» факультета компьютерных наук ВШЭ. 

Сотрудники: