Три сотрудника сектора награждены медалью Филдса — одной из высших международных математических наград: Г. А. Маргулис (1978), М. Л. Концевич (1998), А. Ю. Окуньков (2006).
В секторе работают обладатели научных премий и победители научных конкурсов:
Премия им. С.В. Ковалевской: А.И. Буфетов (2015)
Премия Правительства Москвы молодым ученым: А.А. Гайфуллин (2014);
Simons Foundation: Р.В. Безрукавников (2014);
Breakthrough Prize: М.Л. Концевич (2014);
премия Московского математического общества: А. А. Кириллов (1966), А. М. Бородин (2003), Т. Е. Панов (2004), А.И. Буфетов (2005), Л. Г. Рыбников (2007), С. Ю. Рыбаков (2010), А.И. Зыкин (2011), А.А. Гайфуллин (2012), В.Е. Горин (2014); Петров Л.А. (2015);
премия фонда Дж. Саймонса для математиков преподавателей-исследователей: Г.И. Ольшанский (2011); А.И. Зыкин, Л.Г. Рыбников, А.И. Буфетов, Г.И. Ольшанский, М.Б. Скопенков (2012); А.И. Зыкин, Г.И. Ольшанский,С.Ю. Рыбаков, М.Б. Скопенков, А.Д. Елагин (2013);
премия фонда «Династия» для молодых ученых: А. А. Гайфуллин, В. А. Кириченко (2009), В. Е. Горин, А. Д. Елагин, А. И. Зыкин, Т. Е. Панов, Л. А. Петров (2010); А.И. Буфетов, М.Б. Скопенков (2011); И.В. Вьюгин, А.А. Гайфуллин (2012); И.В. Нетай, Т.Е. Панов (2013)
Fundamental Physics Prize (Премия Юрия Мильнера): М.Л. Концевич (2012);
премия фонда Дж. Саймонса для студентов и аспирантов математиков: В.Е. Горин (2011);
премия им. Р.Л. Добрушина: Г.А. Маргулис (2011), А.Н. Рыбко (2015);
премия им. И. И. Шувалова I степени Московского университета: Т. Е. Панов (2010);
конкурс Мёбиуса: А.И. Буфетов (1999), Л. Г. Рыбников (2002), М. Б. Скопенков (2004, 2007), А. А. Гайфуллин (2005), В. Е. Горин (2007, 2008), А. Д. Елагин (2009), Л. А. Петров (2010);
грант Президента РФ для молодых ученых: А. А. Гайфуллин (2009);
премия П. Делиня: М. З. Ровинский (2005), Т. Е. Панов и Л. Г. Рыбников (2006), Л. Е. Посицельский (2007);
Эйлеровский конкурс молодых математиков: В. Е. Горин (2007);
Sloan Research Fellowship: Р.В. Безрукавников (2004);
премия IEEE Information Theory Society: С. Г. Влэдуц и М. А. Цфасман (1983).
