Австрия

• Институт (Комиссия) по научной визуализации  Австрийской академии наук и Институт (Комиссия) палеографии и кодикологии  Австрийской академии наук (сотрудничество по темам “Распределенная база данных и система обработки изображений водяных знаков”, “Водяные знаки средневековых рукописей”).

Аргентина

• Универсисет г.Буэнос-Айрес (сотрудничество по теме “Регуляции альтернативного сплайсинга”).

Австралия

• Лаборатория нейропсихологии факультета психологии Австралийского Национального Университета г.Канберра (сотрудничество по теме “Исследование роли первичной зрительной коры обезьян в процессах зрительного внимания, обучения и памяти”).

Болгария

• Софийский государственный университет им.Климента Охридского (сотрудничество по теме “Создание многоязычного компьютерного учебника лексики”);
• Институт математики и информатики Болгарской академии наук (сотрудничество по темам “Исследование структуры терминального трафика с приложением для задач оптимизации сетей”, “Алгебраическая и комбинаторная теория кодирования”, “Исследование моделей и программных средств языковых технологий”);
• Институт информационных технологий Болгарской академии наук (сотрудничество по теме ”Разработка и исследование теоретических методов построения распределенных информационных сетей и систем”).

Бразилия

• Departamento de Fisiologia e Biofisica,  Universidade Estadual de Campinas, Campinas (сотрудничество по теме “Регуляция вертикальной позы, двигательная реабилитация больных”). 

Великобритания

• Институт эволюционной биологии, Университет Эдинбурга (сотрудничество по теме “Получение и анализ данных в структуре геномов у групп животных, важных для восстановления хода естественной истории многоклеточных организмов: генерация первичных молекулярно-биологических данных, их обработка и включение в электронные базы данных”);
• University of East Anglia (сотрудничество по теме “Регуляция гомеостаза железа у альфа-протеобактерий”);
• Университет Йорка, г.Йорк и Компания Symmetric Quorum, г.Лондон (сотрудничество по теме “Совместные разработки в области систем высотных платформ (НАР) и соответствующих телекоммуникационных технологий”). 

Венгрия

• Математический институт Венгерской академии наук (сотрудничество по темам “Кодирование, поиск, комбинаторика”, “Проблемы статистической физики, теория стохастических сетей и теория информации”);
• Лаборатория прикладной логики Венгерской академии наук (сотрудничество по темам “Интеллектуальный анализ пространственной информации”, “Разработка партнерской системы интеллектуального анализа информации для медицинского применения”). 

Германия

• Технический университет г.Мюнхен (сотрудничество по темам “Исследования неупорядоченных систем статистической  физики”, “Сравнительная геномика и функциональная протеомика альтернативного сплайсинга”);
• Университет г.Билефельд (сотрудничество по теме “Спектральный анализ непрерывных моделей статистической физики”);
• Университеты г.Кельна и г.Бохума (сотрудничество по теме “Симплектическая редукция и пределы представлений”);
• Университет г.Регенсбург (сотрудничество по теме “Исследования бифуркаций Анронова-Хопфа”);
• Математический центр Мюнхенского технического университета (сотрудничество по теме “Долговременная асимптотика индивидуальных и статистических решений гиперболических уравнений в частных производных”);
• Фраунхоферовский институт Автономных интеллектуальных систем (AIS) (сотрудничество по теме “Технология для извлечения существенной информации из пространственно-временных данных о природе и обществе”);
• Институт математики университета г.Бонн (сотрудничество по теме “Исследование проблем дескриптивной динамики”);
• Университет Гумбольдта, г.Берлин (сотрудничество по теме “Изучение нового семейства транспортеров”);
• Университет г.Ульм (сотрудничество по теме “Разработка и исследование методов помехоустойчивого кодирования с большой эффективностью при малой сложности реализации”);
• Европейский аэрокосмический концерн (EADS) (сотрудничество по теме “Стохастическое управление”). 

Израиль

• MicroSpec Technologies Ltd. (сотрудничество по теме “Разработка и исследование алгоритмов обнаружения дефектов интегральных микросхем по их изображениям, полученных с помощью электронного или оптического микроскопа”);
• Университет г.Холон (сотрудничество по теме “Разработка теоретических основ проектирования и топологической оптимизации сетей связи”). 

Индия

• Институт геологии Гималаев, г.Дехрадун и Департамент метеорологии Индии, г.Дели (сотрудничество по теме “Физика землетрясений и комплексный анализ многопараметрических наблюдений для исследования предвестников”). 

Ирландия

• Факультет прикладной математики Университета в г.Корк (сотрудничество по темам “Периодические колебания больших амплитуд в сложных системах управления и передачи информации и их бифуркации”, “Системы с гистерезисом”). 

Испания

• Психологический факультет Университета г.Барселона (сотрудничество по теме “Исследование механизмов передачи соматосенсорной и висцеральной информации по проводящим структурам спинного мозга в цикле сон-бодрствование”). 

Италия

• Факультет Математики и информатики Университета г.Перуджа (сотрудничество по теме “Комбинаторные проблемы теории кодирования и проективной геометрии над конечными полями”);
• Department of Neuromotor Physiology, IRCCS Fondazione Santa Lucia, Rome (сотрудничество по теме “Регуляция вертикальной позы, двигательная реабилитация больных”);
• Институт CNUCE (в последние годы - IIT) Национального совета исследований Италии, г.Пиза (сотрудничество по теме “Разработка теоретических основ проектирования и оптимизации беспроводных сетей связи”). 

Казахстан

• Институт сейсмологии Министерства образования и науки Республики Казахстан (сотрудничество по теме “Разработка и применение геоинформационной технологии комплексной оценки сейсмической опасности по территории Казахстана”);
• Казахский национальный технический Университет им.К.И.Сатпаева, г.Алматы (сотрудничество по теме “Исследования в области теории передачи, распределения и обработки информации”). 

Канада

• Университет г.Торонто (сотрудничество по теме “Сравнительная геномика регуляторных систем дрожжей”). 

Китай

• Институт науки о землетрясениях Китайской администрации по землетрясениям (сотрудничество по теме “Разработка нового подхода, методов, алгоритмов, программных систем и их применения к оценке сейсмической опасности и прогнозу землетрясений” 

Корея

• Samsung Electronics Co., Ltd., R&D Center, Samsung Advanced Institute of Technology (SAIT) (сотрудничество по теме “Создание алгоритма, повышающего контраст изображения на дисплеях при высоких уровнях внешнего освещения”);
• LG Electronics, г.Сеул (сотрудничество по теме “Разработка и исследование новых механизмов уровня управления доступом к среде в протоколе IEEE 802.11”);
• Исследовательский центр телекоммуникаций и математики, Университет Кореи, г.Сеул (сотрудничество по теме  “Исследование в области совершенствования протоколов канального уровня беспроводных сетей, включая аналитическое и имитационное  моделирование для оценки производительности и улучшения работы беспроводных сетей”). 

Мексика

• Центр научных исследований и высшего образования, г.Энсенада (сотрудничество по теме “Методы и алгоритмы адаптивной обработки изображений и распознавания образов: принципы и реализация”). 

Молдова

• Институт математики и информатики академии наук  Молдовы (сотрудничество по теме "Совместные исследрвания в области математики и информатики по направлениям: стохастические системы и сети, широкополосные беспроводные сети, мультимедийные системы, математическая кибернетика"). 

Польша

• Институт биокибернетики и биомедицинской инженерии Польской академии наук (сотрудничество по теме “Анализ тормозящих механизмов, управляющих ритмической импульсацией мотонейронов при организации движений у здорового человека”).

Словакия

• Институт проблем  измерения Словацкой академии наук, г.Братислава (сотрудничество по теме “Неинвазивное измерение и информационный анализ биоэлектрических сигналов”);
• Институт нормальной и патологической физиологии Словацкой академии наук, г.Братислава (сотрудничество по теме “Неинвазивное электрофизиологическое исследование сердца на основе математического измерения”).

США

• Lawrence Berkeley National Laboratory (сотрудничество по теме “Сравнительная геномика бактериальных регуляторных систем”);
• Burnham Institute, La Jolla (сотрудничество по теме “Регуляция катаболизма сахаров и метаболизма кофакторов”);
• National Center of Biotechnology Information (сотрудничество по теме “Сравнительная геномика и эволюция бактерий”);
• Rutgers University (сотрудничество по теме “Транскрипционные стратегии фагов, поиск новых микроцинов”);
• Oregon State University (сотрудничество по теме “Сравнительная геномика и транскриптомика ответа на стресс”);
• Massachusetts Institute of Technology (сотрудничество по теме “Сравнительная геномика и системная биология бактерий”);
• Принстонский университет, г.Принстон и Университет Пенсильвании, г.Пенсильвания (сотрудничество по теме “Действие естественного отбора на гены гриппы А”);
• Принстонский университет, г.Принстон, Калифорнийский университет в Сан Диего, г.Ла Холла, Национальная лаборатория Лоренс Беркли, г.Беркли, Объединенный институт геномных исследований Департамента энергетики, г.Волнат крик, Мичиганский университет, г.Энн Арбор (сотрудничество по теме “Естественный отбор в эволюции последовательностей”);
• Американский филиал компании Panasonic (Panasonic Princeton Laboratory), г.Принстон (сотрудничество по теме “Разработка и оценка производительности новых механизмов синхронизации в беспроводных персональных сетях”);
• Universal Dialog, Inc., г.Сан-Диего (сотрудниичество по теме “Автоматическая обработка текстов на естественных языках”). 

Франция

• ИНРИА, г.София-Антиполис (сотрудничество по теме “Применение гиббсовских случайных полей к задачам обработки изображений”);
• Laboratoire de Physiologie de la Perception et de l’Action, CNRS - College de France, Paris и  Laboratoire de Neurobiology des Reseaux Sensorimoteurs, CNRS - University Paris Descartes, Paris (сотрудничество по теме “Сенсомоторное взаимодействие и адаптация центральной нервной системы к условиям невесомости”);
• Университет Париж 7 - СНРС, Лаборатория фундаментальных и прикладных алгоритмов в информатике (сотрудничество по теме “Моделирование классической аттенюаторной регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичной альтернативной структуры РНК”);
• Universite Claude Bernard, г.Леон (сотрудничество по теме “Сравнительная геномика систем катаболизма пектинов у растительных патогенов”);
• Институт математики и Центр теоретической физики Национального центра научных исследований Франции, г.Люмини (сотрудничество по теме “Математика коммуникаций”). 

Чехия

• Институт горных структур и механики Чешской академии наук, г.Прага (сотрудничество по теме “Развитие и применение методов геоинформатики для разработки и исследования моделей современной геодинамики с использованием данных GPS”);
• Институт математики Чешской академии наук, г.Прага (сотрудничество по теме “Процессы заметания и их приложение в механике и системах с очередями”).

Швейцария

• Laboratory of Motor Systems Department of Neurology University of Bern и Institute of Physiology  of Fribourg University, Fribourg (сотрудничество по теме “Исследования в области нейрофизиологии управления движениями”).

Швеция

• Университет г.Лунд (сотрудничество по теме “Разработка и исследование методов помехоустойчивого кодирования на базе сверточных кодов”).