Авторы: Lyubetsky V., Rubanov L., Tereshina M., Ivanova A., Araslanova K., Uroshlev L., Goremykina G., Yang J., Kanovei V., Zverkóv O., Shitikov A., Korotkova D., Zaraisky A.
Wide-scale identification of novel/eliminated genes responsible for evolutionary transformations.
Biology Direct, 2023, Vol. 18, Art. 45.
DOI: 10.1186/s13062-023-00405-6
(WoS Q2) Перейти к публикации
Evolution of protein regulators of circadian rhythm in mammals.
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022), The Thirteenth International Multiconference Abstracts, Novosibirsk, Russia, 4-8 July 2022, Novosibirsk: ICG SB RAS, 2022, P. 173. Перейти к публикации
Complex evolution of Fbxl21 gene in mammals.
Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’21,
Moscow, Russia, July 30 — August 2 2021.
Предсказание потерь генов на основе геномных структур.
Материалы международного форума «Биотехнология: состояние и перспективы развития»,
Москва, 28–30 октября 2020, вып. 18, стр. 258–259.
DOI: 10.37747/2312-640X-2020-18-258-260 Перейти к публикации
New bioinformatics methods for identification of lost genes and protein isoforms.
Homo sapiens liberatus, Proceedings of the 3rd International Conference in celebration of the 85th birthday of professor V.P. Skulachev, Moscow, Russia, February 20–21 2020, Abstract Book.
Moscow: Torus Press, 2020, P. 41–42.
DOI: 10.30826/HomoSapiens-2020-30 Перейти к публикации
Evolution of proteins involved in response to ROS.
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020), The Twelfth International Multiconference Abstracts, Novosibirsk, Russia, 6–10 July 2020.
Novosibirsk: ICG SB RAS, 2020, P. 652–653.
DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-398 Перейти к публикацииЗагрузить (844.5 KB)
Protein-coding genes in Euarchontoglires with pseudogene homologs in humans.
Life, 2020, Vol. 10, No. 9, Art. 192.
DOI: 10.3390/life10090192, PMID: 32927891 Перейти к публикации
Optimal growth temperature and intergenic distances in bacteria, archaea, and plastids of rhodophytic branch.
BioMed Research International, 2020, Vol. 2020, Art. 3465380.
DOI: 10.1155/2020/3465380, PMID: 32025518 Перейти к публикации
Гены мыши, потерянные у грызунов и приматов с высокой продолжительностью жизни.
Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития»,
Москва, 25–27 февраля 2019, вып. 17, стр. 341. Перейти к публикации
Screening for mouse genes lost in mammals with long lifespans.
BioData Mining, 2019, Vol. 12, Art. 20.
DOI: 10.1186/s13040-019-0208-x, PMID: 31728160
(WoS Q1, IF 4) Перейти к публикацииЗагрузить (1.4 MB)
New C-terminal conserved regions of tafazzin, a catalyst of cardiolipin remodeling.
Oxidative Medicine and Cellular Longevity,
Vol. 2019, Art. 2901057.
DOI: 10.1155/2019/2901057, PMID: 31781330 Перейти к публикацииЗагрузить (2.6 MB)
Bioinformatics screening of genes specific for well-regenerating vertebrates reveals c-answer, a regulator of brain development and regeneration.
Cell Reports, Vol. 29, Iss. 4, P. 1027–1040.
DOI: 10.1016/j.celrep.2019.09.038, PMID: 31644900
(WoS Q1, IF 10) Перейти к публикацииЗагрузить (6.1 MB)
Protein clustering and gene loss prediction.
Computer Assisted Mathematics Conference.
Electrotechnical University "LETI" Saint-Petersburg, Russia, July 22-24, 2019. P. 7 Перейти к публикацииЗагрузить (205.8 KB)
Bioinformatic screening of genes present only in well regenerating vertebrates reveals novel FGF and purinergic signaling modulator - c-Answer.
bioRxiv, 13 Dec 2018.
DOI: 10.1101/494609 Перейти к публикации
Longevity in mammals: lost genes as a determinant.
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018): The Eleventh International Conference (20–25 Aug. 2018, Novosibirsk, Russia); Abstracts.
Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences; Novosibirsk State University. –
Novosibirsk: ICG SB RAS, 2018. P. 249.
DOI: 10.18699/BGRSSB-2018-221 Перейти к публикацииЗагрузить (2.2 MB)
Longevity in euarchontoglires: lost genes as a determinant.
FEBS Open Bio,
2018, Vol. 8 (Suppl. 1), P. 456–457;
DOI: 10.1002/2211-5463.12453. Перейти к публикации
Evolution and systematics of plastids of rhodophytic branch.
Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’17,
Moscow, Russia, July 27–30 2017, P. 48. Перейти к публикации
Высококонсервативные элементы в митохондриях инфузорий и однодольных растений.
Материалы IX Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития»,
Москва, 20–22 февраля 2017, часть 1, стр. 392. Перейти к публикации
Finding long highly conserved elements in complete animal genomes.
CEUR Workshop Proceedings,
Feb 23 2018, Vol. 2064, Convergent Cognitive Information Technologies 2017, P. 402–408, in Russian. Перейти к публикации
Novel transmembrane protein c-Answer revealed by bioinformatic screening of genes present only in well regenerating animals.
FEBS Journal, 2017, Vol. 284, Iss. S1, P. 155.
doi:10.1111/febs.14174
Projective-invariant description of a meandering river. Journal of Communications Technology and Electronics, 2017; vol. 62, no. 6, p. 663–668. DOI: 10.1134/S1064226917060201
Highly Conserved Elements and Chromosome Structure Evolution in Mitochondrial Genomes in Ciliates.
Life, 2017, Vol. 7, No. 9.
doi:10.3390/life7010009, PMID: 28264444 Перейти к публикации
A method for identification of highly conserved elements and evolutionary analysis of superphylum Alveolata.
BMC Bioinformatics.
2016, vol. 17, art. 385, 16 pp.
DOI: 10.1186/s12859-016-1257-5, PMID: 27645252 Перейти к публикации
Высоко консервативные элементы в митохондриях однодольных растений.
Современные информационные технологии и ИТ-образование.
2016, том 12, № 2. стр. 211-215.
Широкомасштабный поиск потерь, приобретений и нарушений синтении генов у позвоночных животных.
Материалы VIII Московского Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 17–20 марта 2015, часть 1, стр. 259–260. Перейти к публикации
A method of detecting local gene synteny rearrangement.
Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’15,
Moscow, July 16–19 2015, Moscow, IITP RAS, 2015, P. 249–252. Перейти к публикации
Широкомасштабный поиск ультраконсервативных элементов в полных геномах.
Современные информационные технологии и ИТ-образование.
2015, том 2, № 11, стр. 586-593.
Ультраконсервативные элементы у простейших из надтипа Alveolata.
Современные информационные технологии и ИТ-образование,
2015, том 2, № 11, стр. 581–585.
"Легко вычислимые инварианты для распознавания гиперповерхности," Информационные процессы, 2014, том 14, № 4, стр. 365-369. Перейти к публикацииЗагрузить (111.4 KB)
«Поиск ультраконсервативных элементов у простейших типа Apicomplexa»
Современные информационные технологии и ИТ-образование / Сборник избранных трудов IX Международной научно-практической конференции. Под ред. проф. В.А. Сухомлина.
М.: ИНТУИТ.РУ, 2014. стр. 865–870. Загрузить (146 KB)
"Parallelization of nonuniform loops in supercomputers with distributed memory" Journal of Communications Technology and Electronics, 2014, Vol. 59, No. 6, P. 639–646. Загрузить (260.7 KB)
"Параллельное моделирование Монте-Карло на системах с распределённой памятью" International Journal of Open Information Technologies, 2014, Т. 2, № 2, с. 12-20. Перейти к публикации
“Gene expression regulation of the PF00480 or PF14340 domain proteins suggests their involvement in sulfur metabolism”
Computational Biology and Chemistry,
2014, vol. 49, p. 7–13. Перейти к публикации
"Обработка больших данных в параллельных циклах" Сборник избранных трудов VIII Международной научно-практической конференции «Современные информационные технологии и ИТ-образование». Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, 8–10 ноября 2013. М.: ИНТУИТ.РУ, 2013. С. 769-772.
"О распараллеливании неоднородных циклов на суперкомпьютерах с распределённой памятью" Информационные процессы, 2013, № 4. С. 295-305. Перейти к публикации
Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates.
Biology Direct. 2012, 7:26.
DOI: 10.1186/1745-6150-7-26, PMID: 22873568 Перейти к публикации
«Тканеспецифичная транскрипция в митохондриях хордовых в процессе онтогенеза»
Юбилейная конференция «50лет ИППИ РАН. Нейрофизиология, биофизика и психофизика в ИППИ РАН: истоки и современность»,
Москва, сентябрь 2011, стр. 54–58.
“An accurate algorithm of cubic complexity to build supertrees”
Zitteliana. An International Journal of Palaeontology and Geobiology. Series B,
Vol. 30, Abstracts of the international conference “Deep Metazoan Phylogeny 2011 – new data, new challenges", Munchen, Germany, October 11–14 2011, P. 20.
Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level.
Biology Direct. 2011, 6:3.
DOI: 10.1186/1745-6150-6-3, PMID: 21255416 Перейти к публикацииЗагрузить (670.8 KB)
“Lack of Conservation of Bacterial Type Promoters in Plastids of Streptophyta”
Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology (BGRSSB’2010), Novosibirsk, Russia, 20-27 June 2010, p. 170.
Interaction between nucleome and plastome: heat shock response regulation in plastids of plants.
Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB"2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 161.
Алгоритм автоматического обнаружения устойчивых изменений, наблюдаемых на неоднородном фоне в последовательности видеокадров // Информационные технологии и системы ИТиС 2010, Геленджик, 20-24 сентября 2010, стр. 121-126. Перейти к публикации
Автоматическое обнаружение и выделение стабильных изменений в видеопоследовательностях // Информационные технологии и системы ИТиС 32, 2009, Московская обл., пос. д/о Бекасово, 15 - 18 декабря 2009, стр. 183-186.
Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов.
Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 328–331. Перейти к публикации
«Конкуренция РНК-полимераз, транскрибирующих локус в противоположных направлениях» Труды съезда генетиков и селекционеров и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Москва, 21–27 июня 2009, часть II, с. 68.
“Gibbs Field for Evolutionary Analysis of Regulatory Signal of Gene Expression under Constraints on Secondary Structure” The 18th IMACS World Congress on Computational and Applied Mathematics & Applications in Science and Engineering, August 3-5, 2009, The University of Georgia, Athens, GA 30602-7404, USA, р. 54.
